Fue director del Jardín Botánico de París. En 1867 fue nombrado miembro de la Legión de honor; hasta 1894 fue socio de la Royal Society. Redactó el capítulo Dichapetalae de la Flora Brasiliensis de Carl Friedrich Philipp von Martius en el volumen 12 Nro. 1 de 1886, y para Prodromus systematis naturalis regni vegetabilis de Augustin Pyrame de Candolle trabajó Phytocreneae en el volumen 17 de 1873.

El género Baillonia fue nombrado en su honor.

• La abreviatura «Baill. o Baillon» se emplea para indicar a Henri Ernest Baillon como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[1]​

• Adansonia, recueil périodique d’observations botaniques. París 1866−1870 (10 tomos)
• Dictionnaire de botanique. París 1876−1892 (4 tomos)
• Étude générale du groupe des Euphorbiacées. 1858
• Histoire des plantes. 1866−1895 (13 tomos)
• Histoire naturelle des plantes de Madagascar. (3 tomos)
• Iconographie de la flore française. 1885−1894
• Recherches organogéniques sur la fleur femelle des Conifères. 1860
• Recherches sur l’organisation, le développement et l’anatomie des Caprifoliacées. 1864
• Traité de botanique médicale cryptogamique. 1889
• Traité de botanique médicale phanérogamique. 1883−1884

• Anexo:Nombres botánicos según la abreviatura del autor
• Malpighiales

• «Henri Ernest Baillon». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

• Dictionnaire de botanique Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Amaryllidacées, Broméliacées et Iridacées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Conifères, Gnétacées, Cycadacées, Alismacées, Triuridacées, Typhacées, Najadacées et Centrolépidacées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Cypéracées, Restiacées et Ériocaulacées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Graminées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Liliacées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Palmiers Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Pandanacées, Cyclanthacées et Aracées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.
• Histoire des plantes. Monographie des Taccacées, Burmanniacées, Hydrocharidacées, Commelinacées, Xyridacées, Mayacacées, Phylidracées Archivado el 4 de marzo de 2016 en Wayback Machine. digitalizado en la Biblioteca Digital del Real Jardín Botánico de Madrid.

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1. ↑ Todos los géneros y especies descritos por este autor en IPNI.