La historia de la hacienda se remonta a 1583, cuando el virrey Lorenzo Suárez de Mendoza otorgó tierras al bachiller Pedro Ruiz Escuderos. Ese mismo año, Escuderos donó las tierras a Cristóbal de Soria, quien más tarde las vendió a Antonio de Burgos. Posteriormente pasaron por herencia a Nicolás de Aedo y Ana de Garnica.^[1]​

En 1644 fue adquirida por Pedro de Aguilera, cuyo hijo, también llamado Pedro, dejó testamento en 1717 donde se detallaba la existencia de la hacienda con caballerías, casas de adobe, capilla inconclusa y norias. En 1718 la propiedad pasó a Antonio de Gaona y poco después a Francisco Matías de Busto. En 1727 fue vendida a José de Austri, mercader de León, quien amplió sus tierras.^[1]​

Hacia 1786, debido a deudas de los herederos de Austri, la hacienda fue subastada y adquirida por Antonio de Obregón, conde de Valenciana, uno de los personajes más influyentes del Bajío.^[1]​

En 1840 la propiedad fue heredada por María Antonia Obregón de Camacho y posteriormente por Dolores Camacho Obregón, religiosa en la Ciudad de México. A mediados del siglo XIX, la hacienda fue arrendada y luego adquirida por Teodoro Gutiérrez de Velasco.^[1]​

Más tarde pasó a manos del inmigrante vasco Juan de Velasco y Palacios, quien la unió a la Hacienda de La Sandía. A su muerte en 1908, fue heredada por descendientes en Bilbao, España.^[1]​

Durante la Guerra de Independencia de México, el insurgente Pedro Moreno se refugió en la hacienda, desde donde escribió una carta a su esposa Rita Pérez de Moreno, prisionera de los realistas. La misiva fue conservada por ella en un relicario durante más de cuarenta años de viudez.^[1]​

El 3 de junio de 1915, en el marco de la Batalla de Santa Ana del Conde, el general Álvaro Obregón resultó herido de gravedad por una granada lanzada por las fuerzas villistas, lo que provocó la amputación de su brazo derecho.^[2]​ Este episodio marcó uno de los momentos más recordados de la Revolución en Guanajuato y se enmarca dentro de la serie de enfrentamientos entre villistas y constitucionalistas en el Bajío.^[3]​

Tras la Reforma Agraria, las tierras de la hacienda fueron repartidas entre varios ejidos de la región, beneficiando a cientos de campesinos.

En 1950, el casco principal fue adquirido por los Misioneros de la Natividad de María, quienes lo transformaron en seminario y espacio religioso, conservando la arquitectura original. Desde entonces se han realizado labores de restauración y modernización.^[1]​

El conjunto conserva la Casa Grande, compuesta por una docena de habitaciones con techos de más de cuatro metros, sostenidos por vigas de madera. Destacan un portal y un patio central con columnas gruesas, así como jardines interiores y exteriores.^[1]​

Hasta la década de 1970 aún se podían observar tres graneros, uno de ellos en forma de cono; dos se derrumbaron y el restante fue adaptado como capilla. La hacienda contaba también con caballerizas, bodegas, una tienda de raya y murallas con fortines.^[1]​

A un costado se encuentra un templo dedicado a Santa Ana, madre de la Virgen María. Su torre conserva el impacto de un cañonazo ocurrido durante la Revolución mexicana.^[1]​

Hoy en día la hacienda funciona como sede del Seminario de los Misioneros de la Natividad de María y también como espacio cultural y social, en el que se celebran bodas, exposiciones y eventos privados.^[4]​

El inmueble es considerado un referente histórico de la región de León y un ejemplo de la evolución de las haciendas del Bajío.^[5]​

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