Guerrilla es el resultado de la fusión entre tres estudios holandeses: Orange Games, Digital Infinity y Formula Game Development.^[4]​^[5]​ Orange Games fue fundada en 1993 por Arjan Brussee, el codiseñador del juego Jazz Jackrabbit de 1994.^[6]​ Digital Infinity fue creada por Arnout van der Kamp en 1995;^[5]​ y Formula fue fundada por Martin de Ronde en 1998 y vendida a Lost Boys (un conglomerado multimedia propiedad de Michiel Mol) en 1999.^[7]​^[8]​ Cuando los tres estudios se fusionaron, formaron Lost Boys Games como filial de Lost Boys el 1 de enero de 2000.^[4]​^[9]​^[10]​ Con de Ronde como director, la compañía empleo a 25 personas, llegando a hasta las 40 en noviembre de ese mismo año.^[7]​^[9]​ Al año siguiente, Hermen Hulst fue contratado para reemplazar a de Ronde como director.^[4]​^[11]​ En 2001, cuando Lost Boys se fusionó con la sueca IconMediaLab, Lost Boys Games se separó para pasar a ser una entidad independiente aún bajo la propiedad de Mol.^[7]​^[12]​

Lost Boys Games empezó a desarrollar juegos para la Game Boy Color con personajes originales, sin embargo, el estudio se encontró con que los editores preferían trabajar con juegos con personajes ya conocidos.^[4]​ Dado que el estudio no estaba dispuesto a alterar los personajes que ya había creado, no logró encontrar ningún editor.^[4]​ En consecuencia Lost Boys Games pasó a dedicarse a los encargos de terceros, creando juegos como Dizzy's Candy Quest (Game Boy Color, 2001), Rhino Rumble (Game Boy Color, 2002), Black Belt Challenge (Game Boy Advance, 2002), y Invader (Game Boy Advance, 2002).^[4]​ Los dos últimos juegos fueron publicados por Xicat Interactive.^[13]​ Más tarde, Mol creó una nueva compañía de contenidos, Media Republic, que terminó adquiriendo el 75% de Lost Boys Games en 2003.^[8]​^[12]​^[14]​ En julio de ese año la compañía cambió su nombre al de Guerrilla para reflejar el estilo de su nueva empresa matriz.^[15]​

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