La población de los territorios que el Imperio otomano heredó del Imperio bizantino y de la República de Venecia estaba compuesta mayoritariamente por los griegos. En el ámbito religioso, eran en su mayoría cristianos ortodoxos con una reducida minoría católica. Bajo el sistema de millet fueron administrados como una comunidad diferenciada y a partir de 1453 estuvieron bajo la autoridad del Patriarca de Constantinopla. Sus principales asentamientos se ubicaban en la actual Grecia, Chipre, Tracia, las islas y costas del Mar de Mármara, Capadocia, la región del Mar Negro y las costas del Mar Egeo. En el siglo XIX, una parte de los griegos pónticos se estableció en la región de Kars bajo la ocupación rusa.

A pesar de la libertad religiosa, muchos griegos se convirtieron al islam y algunos de ellos se asimilaron culturalmente como turcos. La islamización fue más intensa en Creta y en la región del Mar Negro. Los griegos musulmanes, así como los devşirme y los fanariotas, ocuparon cargos importantes en la administración imperial. La población griega se dedicaba principalmente a la agricultura, la navegación, la artesanía y el comercio. La ciudad con mayor número de griegos en el imperio era Estambul. Entre los griegos de Anatolia, muchos tenían el idioma turco como lengua materna, mientras que los del Mar Negro hablaban un dialecto helénico diferenciado del griego moderno. Exceptuando al clero, la mayoría vestía de manera similar a los musulmanes otomanos, aunque en los últimos tiempos se generalizó la moda europea.

En el siglo XIX, la difusión del nacionalismo griego y de la Gran Idea provocó una serie de levantamientos, acompañados de episodios de limpieza étnica contra poblaciones musulmanas. 1830 se proclamó el Reino de Grecia en el Peloponeso, al que se incorporaron Tesalia, Creta, Epiro y Macedonia hasta 1912. Como consecuencia, la población griega dentro del Imperio otomano se redujo y hacia 1914 rondaba 1,8 millones. Durante la Primera Guerra Mundial, parte de los griegos del Egeo y de Tracia fueron deportados hacia Grecia o Anatolia Central, lo que provocó la muerte de miles de personas. Simultáneamente, decenas de miles de musulmanes que habían huido de la primera guerra balcánica fueron asentados en las zonas desalojadas. Algunos historiadores califican estos sucesos como el genocidio griego.

Tras la derrota otomana en la Primera Guerra Mundial, Grecia reclamó la región de Esmirna y la ocupó en 1919, lo que permitió el retorno de unos 100 000 griegos. En la guerra greco-turca, la mayoría de los griegos apoyó a Grecia. El conflicto estuvo marcado por masacres recíprocas. En el Mar Negro, numerosos griegos fueron deportados y muchos de ellos perecieron. Con la retirada del ejército griego, que incendió numerosas localidades, cerca de un millón de griegos huyeron con las tropas hacia Grecia.

El Tratado de Lausana estableció un intercambio de poblaciones. Aproximadamente 356 000 musulmanes^[1]​ fueron trasladados a Turquía, mientras que unos 290 000^[1]​ griegos pónticos y karamanlides fueron enviados a Grecia. De estos últimos, entre 50 000 y 66 000^[2]​ emigraron posteriormente a otros países. En Grecia, cerca de 75 000^[2]​ refugiados murieron a causa de las duras condiciones. En 1928 se contabilizaban 1 104 216^[2]​ refugiados griegos otomanos en Grecia, mientras que en 1927 permanecían en Turquía unos 125 000 griegos.^[3]​ Se estima que entre 1912 y 1922 fallecieron alrededor de 300 000^[4]​ griegos otomanos.

En los censos otomanos, los árabes ortodoxos de los valiatos de Siria, Beirut, Alepo y del Sanjacado de Jerusalén también fueron contabilizados como griegos (rūm). En estas regiones, la población registrada como griega ascendía a 187 999 personas en 1914. En el Imperio otomano, una parte importante de los griegos de las provincias de Monastir y Yanya eran de origen albanés o eslavo. Tras la pérdida de las islas del Egeo, la mitad de la provincia de Edirne y el resto de Rumelia en 1912, el número de griegos dentro del Imperio disminuyó considerablemente.

     Completamente perdido tras la Guerra de los Balcanes de 1912 (salvo la mitad de la provincia de Edirne).

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  Mujer griega en Pera en el siglo XVI
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  Sofronio, sacerdote griego de Amasya
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  Griegos pónticos armados

• Rūm