Tras los eventos de 1954, Godzilla ha sido catalogado como una amenaza natural permanente para Japón. La Red de Predicción Godzilla (GPN) opera como entidad independiente dedicada al estudio del organismo mutante y la predicción de sus apariciones. Simultáneamente, la Crisis de Control de Inteligencia (CCI) realiza el hallazgo de una nave extraterrestre de sesenta millones de años de antigüedad en las profundidades de la fosa marina japonesa.

Durante los intentos de la CCI por elevar la nave para su análisis, esta se activa de forma autónoma y asciende hacia la superficie. Godzilla emerge y entra en combate con las Fuerzas de Autodefensa de Japón, equipadas con misiles Full Metal de nueva generación. La nave extraterrestre interviene en el conflicto, revelando su interés en obtener material genético específico de Godzilla. El enfrentamiento inicial resulta en un empate, tras el cual Godzilla se retira al océano y posteriormente a tierra firme para absorber energía solar.

Yuji Shinoda, fundador de la GPN, identifica las propiedades regenerativas de Godzilla, denominando al agente responsable como Organizador G1 (conocido como Regenerador G1 en adaptaciones occidentales). Los ocupantes de la nave extraterrestre obtienen acceso a esta misma información genética.

La nave se libera del cerco militar y se dirige hacia el distrito de Shinjuku, donde se posiciona sobre la torre de la ciudad. Desde esta ubicación, procede a extraer digitalmente todos los datos relacionados con Godzilla almacenados en los sistemas informáticos de Tokio. Los intentos de la CCI por destruir la nave mediante explosivos resultan infructuosos. Durante este evento, los extraterrestres emiten una declaración de intenciones invasoras y establecimiento de dominio terrestre. El análisis de Shinoda revela que el objetivo alienígena consiste en la apropiación del ADN de Godzilla para la reconstrucción de sus formas físicas.

Godzilla inicia un segundo combate urbano contra la nave extraterrestre. Durante este enfrentamiento, la nave logra someter temporalmente a Godzilla y absorber una porción de su Organizador G1. Esta absorción desencadena la transformación de la entidad alienígena en una forma híbrida cephalopoda denominada Millennian.

La incapacidad del Millennian para ejercer control total sobre el material genético de Godzilla resulta en una mutación progresiva y descontrolada, culminando en su transformación en la entidad conocida como Orga.

El enfrentamiento entre Godzilla y Orga se desarrolla en múltiples fases:

1. Fase inicial: Orga establece dominancia táctica y procede a extraer material genético adicional mediante contacto directo, continuando su proceso mutativo con el objetivo de replicar completamente la forma de Godzilla.

2. Equilibrio de fuerzas: Godzilla logra equiparar la situación y emplea su rayo atómico contra Orga, causando daño aparentemente letal.

3. Regeneración: Orga demuestra capacidades regenerativas superiores a las anticipadas, recuperándose del ataque previo.

4. Estrategia final: En un intento definitivo de absorción completa, Orga expande su cavidad oral para engullir a Godzilla. Durante este proceso, desarrolla características físicas de Godzilla, incluyendo tegumento similar y crecimiento de proyecciones dorsales.

5. Resolución: Godzilla, calculando la ventaja regenerativa de su oponente, permite deliberadamente ser parcialmente ingerido y desencadena su pulso nuclear desde el interior de Orga, causando la destrucción completa de la entidad.

Tras la eliminación de Orga, Godzilla procede a eliminar a Mitsuo Katagiri, director de la CCI, antes de iniciar una incursión destructiva a través de la metrópoli de Tokio.

Debido a la gran demanda de los fanáticos de que revivan la saga de Godzilla, comenzó el desarrollo de una nueva producción de Tōhō dos meses después del lanzamiento de Godzilla de TriStar. El productor ejecutivo Shogo Tomiyama contrató a Hiroshi Kashiwabara (escritor de Godzilla vs. Spacegodzilla) y Wataru Mimura (escritor de Godzilla vs. Mechagodzilla II), Kashiwabara sintió que tenían que volver a las raíces de Godzilla y reexaminar lo que lo hacía único.^[1]​

Respecto al diseño de Godzilla, el director Takao Okawara quería hacer «algo nuevo» y notó que la altura de Godzilla ha cambiado a lo largo de los años, afirmando, «sentí que esa distancia entre los seres humanos y Godzilla era demasiado, así que redujimos su altura a algo más cerca del original a aproximadamente 170 pies».^[1]​

Godzilla 2000 se produjo con un presupuesto de aproximadamente $8.3 millones.^[2]​Kenji Suzuki, quien había trabajado como asistente de dirección en las películas anteriores de Godzilla, supervisó los efectos especiales. El trabajo de efectos en miniatura no se destacó tan fuertemente como lo había sido en las entregas anteriores. En cambio, las técnicas de composición como la clave de croma se utilizaron en gran medida para integrar la materialización Godzilla de la suitmation en tomas de lugares de la vida real. La película también contiene la primera toma totalmente generada por computadora de Godzilla realizada en una producción japonesa (las películas anteriores solo usaban CGI para visualizar representaciones de pantallas gráficas de Godzilla o para mezclar efectos de computadora con una toma de acción en vivo).

Hubo dos versiones dobladas en inglés de esta película. Como es práctica habitual para Tōhō, la película fue doblada originalmente en Hong Kong para su uso en la versión internacional de Tōhō. Para el lanzamiento teatral de Sony, la película fue totalmente re-doblada por actores de voz asiático-americanos (Schlesinger deliberadamente tomó esta decisión porque no quería que los personajes sonaran como si fueran «de Wisconsin»).

Sony gastó aproximadamente un millón de dólares para reeditar y copiar la película en inglés,^[3]​ y una suma adicional de entre diez y doce millones de dólares para comercializarla.

La versión doblada en inglés de la película tiene una duración de 88 minutos, 17 minutos menos que la versión japonesa de 105 minutos. La mayoría de estos fueron eliminaciones menores hechas para mejorar el ritmo de la película, y el diseño de sonido fue completamente re-hecho. J. Peter Robinson compuso nueva música destinada a complementar la música de Takayuki Hattori. El doblaje tiene un tono humorístico, irónico, aparentemente en homenaje a los doblajes de Godzilla de los 60 y 70, los diálogos también fueron rediseñados para cambiar o descartar ciertos detalles expositivos. Algunos fanáticos han criticado la versión doblada en inglés de Godzilla 2000 por acaparar lo que perciben como una película «seria»; sin embargo, Toho y Takao Okawara aprobaron todos los cambios a la película con anticipación, y varias secuencias divertidas a lo largo de la historia (como las personas que sobreviven cómicamente al ataque de Godzilla al principio de la película) establecen un tono alegre y hacen evidente que no estaba destinado a ser tomado en serio. En una entrevista en Video Watchdog # 71, Schlesinger notó que las personas en la vida real tienden a hablar humorísticamente; también sentía que dar al público un diálogo intencionalmente divertido los haría menos propensos a reírse de las escenas de monstruos, que se suponía debían tomarse en serio. Originalmente, la película terminó con las palabras «The End?» en letras caricaturescas, pero Mike Schlesinger y Toho lo rechazaron. «¿Fin?» fue eliminado de versiones posteriores de video casero y televisión. El final fue conservado por error para el VHS de la película con subtítulos en español.

Desde su estreno en Japón el 11 de diciembre de 1999 y recaudó aproximadamente quince millones de dólares, con aproximadamente dos millones de entradas.^[4]​ La película fue un éxito de taquilla moderado, y fue el lanzamiento doméstico más taquillero de Japón de la temporada de vacaciones de 1999, en parte debido a la exageración del Y2K de finales de la década de 1990.

Tristar Pictures lanzó Godzilla 2000 en 2111 cines norteamericanos el 18 de agosto de 2000. Obtuvo un total de $4 407 720 ($2087 por pantalla) en su primer fin de semana, en camino a un total bruto de $10 037 390.^[5]​ Las películas de Future Millennium Godzilla serían lanzadas directamente a DVD en Estados Unidos.

El lanzamiento norteamericano de Godzilla 2000 se encontró con una reacción crítica mixta. Actualmente tiene una calificación del 56% en Rotten Tomatoes entre todos los críticos, con Critics Consensus como «Godzilla 2000 es cursi, risible y buena diversión entretenida».^[6]​

El lanzamiento norteamericano de Godzilla 2000 fue recibido con una respuesta crítica mixta. El agregador de reseñas Rotten Tomatoes informó que el 57% de los críticos le dieron a la película una reseña positiva basada en 69 reseñas, con una calificación promedio de 5.68/10. El consenso de los críticos del sitio dice: «Godzilla 2000 es cursi, risible y muy divertido».^[6]​ El Metacritic, la película ha una puntuación media ponderada de 41 sobre 100 basada en 23 críticos, lo que indica «críticas mixtas o medias».^[7]​ El público encuestado por CinemaScore le dio a la película una calificación promedio de «B–» en una escala de A+ a F.^[8]​

Bruce Westbrook del Houston Chronicle dijo que la película «aprovecha un sentido de asombro ahora raro e inocente» y que «sus escenas de acción están bien concebidas», resumiéndolas como «una historia adorablemente divertida», con «incursión en tramas insípidas, malos doblajes y hombres con trajes de goma destrozando decorados en miniatura».^[9]​ Owen Gleiberman de Entertainment Weekly le dio a la película una calificación de «B», diciendo que Godzilla 2000 «aterriza en una imaginativa línea de falla en algún lugar entre la vulgaridad y el asombro». Jay Carr de The Boston Globe llamó a Godzilla 2000 dijo que es«un montón de diversión, y algo más»^[10]​Lou Lumenick del New York Post dijo que «es fantástico tener de vuelta al tipo grande».^[11]​James Berardinelli de ReelViews dijo que la película «usa la fórmula de Godzilla de manera efectiva» y «representa entretenimiento sólido, cursi y escapista».^[12]​ Maitland McDonagh de TV Guide elogió la película y dijo que «los fanáticos no querrán perderse esta adición al canon».^[13]​

Susan Wloszczyna de USA Today dijo que Godzilla 2000 «puede ser aburrido, pero la familiaridad de todo lo hace parecer ceremonial, un ritual reconfortante».^[14]​ David Edelstein de Slate dijo que «periódicamente entraba en trance», pero agregó que «es divertido de ver» y «todavía se las arregla para disipar algo del hedor persistente de el remake de 1998 de Roland Emmerich».^[15]​

Entre los sitios web relacionados con kaiju, Stomp Tokyo dijo que «hay algunos efectos especiales bastante impresionantes» y concluyó que «Godzilla 2000 funciona bastante bien, si no espectacularmente».^[16]​ Toho Kingdom criticó la versión japonesa y dijo que «no es difícil ver por qué Godzilla 2000 fue mal recibido en Japón», pero agregó que «la versión estadounidense... es infinitamente mejor que su contraparte japonesa de ritmo lento. En total, la versión estadounidense hizo numerosos cortes muy necesarios de la película para ajustarla».^[17]​

Godzilla 2000 se lanzó en DVD el 26 de diciembre de 2000^[18]​ y luego en Blu-ray, particularmente en 2014 en América del Norte,^[19]​ el Blu-ray de América del Norte incluyó los cortes japoneses y estadounidenses de la película.

• Godzilla 2000: Millennium en Internet Movie Database (en inglés).