El Giro de Italia estuvo conformado por veintiuna etapas, clasificadas de la siguiente manera: 10 etapas de media y alta montaña, de las cuales 6 etapas son llegadas en alto; 8 etapas llanas y 3 contrarreloj, todas ellas individuales.^[7]​

El Giro comenzó con una contrarreloj individual de 9,8 km en Apeldoorn. Para terminar el paso por los Países Bajos, los corredores tuvieron que recorrer dos etapas exactamente iguales (Nimega-Arnhem) y (Arnhem-Nimega).

Tras el corto tiempo fuera de Italia, se regresa a esta, con un día de descanso como transición. Rápidamente, la dureza del Giro se refleja en la primera semana. La 5.ª etapa es la segunda más larga del Giro, con 233 kilómetros, aunque esta etapa sea prácticamente llana. Un día después se llega a la primera etapa de gran montaña, con el final en alto del Roccaraso de 7,5 km al 6,2 %. Luego de estas dos duras etapas, los corredores tienen que ir desde Foligno a Arezzo, con dos dificultades montañosas de por medio, teniendo la segunda más de 6 km de 'sterrato'. Ya para terminar la primera semana, ciclistas como Nibali o Urán tendrán 40,4 km de contrarreloj para ir cogiendo diferencias a los escaladores puros.

Nada más comenzar la segunda semana, los corredores tendrán que hacer 216 km y subir cuatro difíciles puertos. Aunque esta semana puede parecer la menos dura, su final es impresionante. La 14.ª etapa es la conocida como 'tappone', la etapa reina del Giro. Los corredores tendrán que subir seis puertos (Pordoi, Sella, Gardena, Campolongo, Giau y Valparola) en 210 km. Sin disminuir la intensidad, el cierre de la segunda semana se caracteriza por la cronoescalada del Alpe di Suisi de 10,8 km al 8,3 % y rampas del 11 %.

Ya para terminar el Giro, los corredores tendrán que subir el Agnello y sus 2744 m y el final en Risoul (12,6 km al 6,9 %) en la 19.ª etapa. Después de esta, en la 20.ª etapa, los corredores terminaran por decidir en portador final de la maglia rosa, si no esta decidida, en 134 km con 4000 m de desnivel acumulado, subiendo el Col de Vars, la monstruosa Col de la Bonette (2715 m), la colosa Colle della Lombarda (21 km al 6,8 %) y la última subida del Giro, Sant'Anna di Vinadio, como último final en alto de la prueba italiana. Con todo decidido, los corredores llegaran a Turín, dándose un paseo por sus calles.

Tomaron parte en la carrera 22 equipos: los 18 UCI ProTeam (al ser obligada su participación); más 4 equipos Profesionales Continentales, invitados por la organización, formando así un pelotón de 198 ciclistas de 9 corredores cada equipo. Los equipos participantes fueron:^[8]​

Meses antes de comenzar el Giro, grandes corredores se habían marcado como objetivo obtener la "corsa rosa". Estos eran el italiano Vincenzo Nibali, que llegaba sin destacar mucho en su principio de temporada; el español Alejandro Valverde, que por primera vez competía en el Giro, pero venía de obtener un podio en el Tour 2015 y un buen inicio de temporada; el colombiano Rigoberto Urán, aunque no obtenía buenos resultados desde 2014; el polaco Rafał Majka, que aunque no había empezado bien la temporada, su 3º puesto en la general en la Vuelta 2015 le avalaba a sus 25 años; y el otro español Mikel Landa, que había obtenido el podio (3º) en el Giro 2015. Un escalafón por debajo de estos grandes corredores estaban el francés Jean-Christophe Péraud, el italiano Domenico Pozzovivo, el holandés Tom Dumoulin, el colombiano Esteban Chaves, el ruso Ilnur Zakarin y el canadiense Ryder Hesjedal.^[9]​^[10]​^[11]​

Con el fin de definir el tiempo máximo para cada etapa, las mismas estuvieron divididas en 5 categorías.

• Categoría A (sin dificultad): etapas 2-10-13-21. Los corredores tienen entre un 7 y un 10 % más de tiempo para llegar que el ganador.
• Categoría B (dificultad baja): etapas 6-7-12-17. Los corredores tienen entre un 9 y un 11 % más de tiempo para llegar que el ganador.
• Categoría C (dificultad media): etapas 4-5-9-11-18. Los corredores tienen entre un 9 y un 11 % más de tiempo para llegar que el ganador.
• Categoría D (dificultad alta): etapas 3-8-15-16-19-20. Los corredores tienen entre un 16 y un 18 % más de tiempo para llegar que el ganador.
• Categoría E (contrarreloj): etapas 1-14. Los corredores tienen un 30 % más de tiempo para llegar que el ganador.

En cada etapa, excepto la contrarreloj por equipos, se otorgaron puntos para la maglia rossa. Según la categoría de la etapa fueron asignados los siguientes puntos al orden de llegada.

• Etapas categoría A y B: A los 15 primeros en llegar (50-35-25-18-14-12-10-8-7-6-5-4-3-2-1)
• Etapas categoría C: A los 10 primeros en llegar (25-18-12-8-6-5-4-3-2-1)
• Etapas categoría D y E: A los 10 primeros en llegar (15-12-9-7-6-5-4-3-2-1)

Este año hubo 39 puertos puntuables para la clasificación de la montaña. Los ascensos estuvieron divididos en 4 categorías que iban de 1.ª a 4.ª y la Cima Coppi (el puerto de mayor altitud, que otorgó más puntos que uno de primera). Esta última estuvo en el Colle dell'Agnello, en la antepenúltima etapa. Fueron nueve puertos de 1.ª categoría, ocho de 2.ª, trece de 3.ª y ocho de 4.ª. Los puntos se asignaron a los primeros corredores en coronar el puerto y según la categoría fueron los siguientes.

• Cima Coppi: 45-30-20-14-10-6-4-2-1
• 1.ª categoría: 35-18-12-9-6-4-2-1
• 2.ª categoría: 15-8-6-4-2-1
• 3.ª categoría: 7-4-2-1
• 4.ª categoría: 3-2-1
• Nota: Para ver el detalle de los puertos véase la lista

Se desarrollaron 2 sprints intermedios durante cada etapa. Según la categoría de la misma se asignaron los siguientes puntos:

• Etapas categoría A y B: 20-12-8-6-4-3-2-1
• Etapas categoría C: 10-6-3-2-1
• Etapas categoría D: 8-4-1

Las bonificaciones en tiempo se descontaban de la clasificación individual a los corredores que las obtenían. Las mismas se otorgaron en todas las etapas excepto la contrarreloj por equipos. Las bonificaciones fueron:

• Llegadas de etapa: 10, 6 y 4 segundos a los tres primeros.
• Metas volantes: 3, 2 y 1 segundo a los tres primeros.

El Giro de Italia dispuso de veintiuna etapas para un recorrido total de 3383 kilómetros.^[12]​

• Premio Azzurri d'Italia:   Michele Scarponi
• Premio della Fuga:   Daniel Oss
• Clasificación Juego Limpio "Praia a Mare":   LottoNL-Jumbo

• En negrita, puertos de 1.ª categoría y Cima Coppi.

El Giro de Italia 2016 otorga puntos para el UCI WorldTour 2016, para corredores de equipos en las categorías UCI ProTeam, Profesional Continental y Equipos Continentales. Las siguientes tablas son el baremo de puntuación y los ciclistas que obtuvieron puntos:

Además, también otorgó puntos para el UCI World Ranking (clasificación global de todas las carreras internacionales).^[13]​

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