Giovanni Ludovico vio tras la batalla de Pavía que la causa de Francia estaba perdida y se puso del lado de Carlos I de España. Este cambio de lealtades causó un enorme escándalo en la corte saluzzense, y su madre Margarita ordenó que fuese encarcelado. Tras la muerte de su hermano, el marqués Miguel Antonio, luchando contra los españoles en Aversa el 18 de octubre de 1528,^[3]​ una insurrección popular lo liberó inmediatamente poniéndolo a la cabeza del marquesado.

Sin embargo, Saluzzo seguía estando bajo la influencia de Francia y Francisco I lo depuso a favor de su hermano Francesco Ludovico. Así que Giovanni Ludovico apenas puedo ejercer el poder, y sus intentos por recuperarlo, apoyado por Carlos I, fueron siempre desmontados por la monarquía francesa.

Llegada la paz entre España y Francia en 1559, renunció a todos sus derechos en favor de Carlos IX de Francia, que le concedió el título de Conde de Beaufort.

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