Nacido en Florencia, comenzó a estudiar elocuencia y latín a los diez años como alumno particular con Antonio Maria Biscioni. De 1704 a 1708 asistió a cursos de teología tomista, con la Orden Dominica en la escuela del convento de San Marco. Posteriormente, continuó estudios de filosofía, física y matemáticas por su cuenta y también aprendió griego con la ayuda de Anton Maria Salvini. Posteriormente, recibió las órdenes sagradas y la muceta teológica (20 de agosto de 1716), tras lo cual entró al servicio de la familia Corsini.

En la década de 1720 dirigió la Imprenta medicea del Gran Ducado de Florencia, donde editó las Disertaciones del filólogo Benedetto Averani^[1]​ y mantuvo relaciones de colaboración con Benedetto Bacchini. Rápidamente adquirió gran fama como profundo experto en la lengua y literatura toscanas, tanto que fue acogido en la Accademia della Crusca, donde se le confió la prestigiosa tarea de dirigir la exigente preparación de la cuarta edición del Vocabolario della Crusca (1729-38). Para la Accademia, Bottari impartiría más tarde una serie de treinta y tres conferencias sobre el Decamerón,^[2]​ destinadas a demostrar en Boccaccio no solo la ausencia de intenciones irreligiosas u obscenas, sino incluso la presencia de intenciones morales y exegéticas. La obra es interesante hoy en día por los comentarios filológicos realizados por Bottari sobre el léxico de Boccaccio.^[3]​ En esos mismos años colaboró primero en una edición de las Novelle de Sacchetti, impresa en Nápoles en 1726, y posteriormente en una edición de Ercolano de Benedetto Varchi, que incluía en el apéndice un Diálogo anónimo sobre el nombre de la lengua vernácula, atribuido por Bottari a Nicolás Maquiavelo.^[4]​ En esa misma época, Bottari comenzó a interesarse por la doctrina y la literatura jansenistas.

En noviembre de 1730, Bottari dejó su ciudad natal para siempre y se trasladó a Roma, invitado por Neri Maria Corsini, sobrino del recién elegido papa Clemente XII. En Roma Bottari entró al servicio del cardenal Corsini en el Palazzo Corsini alla Lungara. Gracias al apoyo de Corsini, primero obtuvo una canonjía en Santa Anastasia y, poco después, la cátedra de Historia y Controversias Eclesiásticas en la Universidad La Sapienza. En el Palazzo Corsini, fundó el Burchiello, un club cultural, y organizó la biblioteca, que más tarde se abriría al público (la Corsiniana). Clemente XII lo nombró capellán secreto, arcipreste de Santa Maria in Cosmedin y segundo custodio de la Biblioteca Vaticana; el papa también le encargó la edición de una nueva edición de Roma subterranea de Bosio y su reelaboración en latín por Aringhi ( Roma subterranea novissima ). Sus numerosos compromisos le obligaron a abandonar su cátedra universitaria en 1739.

Tras la muerte de Clemente XII (1740), Bottari participó en el cónclave con el cardenal Corsini, durante el cual completó la edición de los Antiquissimi Virgiliani Codicis fragmenta et picturae, acompañados de grabados de Piersanti Bartoli. Posteriormente, el nuevo papa Benedicto XIV lo nombró miembro de las academias de Historia Eclesiástica, de los Concilios y de las Antigüedades, y le confió la canonjía de Santa María en Trastevere. Esto marcó el inicio de un período fructífero para él, que le reportó gran notoriedad como erudito, historiador del arte y filólogo.

Desde una perspectiva religiosa, después de 1740, la actitud de Bottari se volvió progresivamente más projansenista y antijesuita. Aceptó la condena papal de las cinco proposiciones de Jansenio, pero creía que podían interpretarse de diferentes maneras y, por lo tanto, eran susceptibles de manipulación por parte de los jesuitas, cuyo principal objetivo, según Bottari, era desacreditar las doctrinas de San Agustín y Santo Tomás de Aquino. En este sentido Bottari realizó una labor de divulgación y proselitismo a favor del jansenismo, tanto que, hacia mediados de siglo, se ganó la reputación de ser la deidad tutelar del movimiento jansenista en Roma (círculo Archetto).

La disponibilidad del Palazzo Corsini y su rica biblioteca permitió al erudito florentino establecer relaciones públicas y comprar numerosos grabados, así como libros en Francia, que a menudo tradujo él mismo al italiano. Sus actividades de difusión fueron acompañadas por su colaboración con el Giornale de' Letterati, en la serie impresa por los hermanos Pagliarini de 1742 a 1759. Incluso en Roma su interés por la filología toscana no disminuyó y supervisó la publicación del Fiore di virtù, la Istoria di Barlaam e Giosaffatte y varias obras de Domenico Cavalca, incluidos siete tratados ( Specchio di Croce, Pungilingua, Frutti della lingua, Medicina del cuore, Disciplina de los espirituales con el Tratado de las treinta locuras, Exposición del Credo de los Apóstoles ) y dos traducciones (la del Diálogo de San Gregorio y la de la Epístola a Eustochium de San Jerónimo).

Bottari murió en Roma en 1775.

• Carmina illustrium poetrum italorum, 11 vols., Florentiae, Typis Regiae Celsitudinis apud Joannem Cajetanum Tartinium & Sanctem Franchium, 1719-1726.^[5]​
• Esculturas y pinturas sagradas extraídas de los cementerios de Roma, ya publicadas por los autores de la Roma sotterranea y ahora sacadas a la luz de nuevo, 3 volúmenes, Roma, en la Prensa Vaticana de Giovanni Maria Salvioni, 1737-1754.
• Diálogos sobre las tres artes del dibujo, Lucca, para Filippo Maria Benedini, 1754.
• Colección de cartas sobre pintura, escultura y arquitectura escritas por los más célebres profesores que florecieron en estas artes desde el siglo XV al XVII, 7 volúmenes, Roma, para los herederos Barbiellini, comerciantes de libros e impresores de Pasquino, 1754-1773 ( Volumen I, Volumen III, Volumen VI ).
• Lecciones de Monseñor Giovanni Bottari sobre el Decamerón, 2 volúmenes. Florencia, publicado por Gaspero Ricci, 1818.

1. ↑ Benedicti Averanii Dissertationes habitæ in Pisana academia in quibus græcæ eloquentiæ principes explicantur, & illustrantur Anthologia, Thucydides, et Euripides. Opus postumum græca, latinaque omnis generis eruditione doctrinaque, & ornamentis eloquentiæ refertissimum, 3 voll. Florentiae: typis Regiæ Celsitudinis: sumptibus Cajetani Tartinii, & Sanctis Franchii, 1717. 
2. ↑ Francesco Grazzini, Ragguaglio delle inedite lezioni di monsig. Giovanni Bottari sopra il Decamerone, Estratto dal vol. XV. del giornale intitolato Collezione di opuscoli scientifici e letterarj che si stampa in Firenze presso Francesco Daddi, 1812. 
3. ↑ Luigi Russo, Novelle scelte dal Decamerone, con un'appendice delle opere minori, Firenze: G. C. Sansoni, 1968. 
4. ↑ L'Ercolano dialogo di m. Benedetto Varchi nel quale si ragiona delle lingue. Ed in particolare della toscana e della fiorentina, Firenze: nella stamperia di S.A.R. per gli Tartini, e Franchi, 1730. 
5. ↑ Gaetano Melzi, Dizionario di opere anonime e pseudonime di scrittori italiani, Vol. I, p. 177 (Google libri). 

• Giammaria Mazzuchelli, Los escritores de Italia, con información histórica y crítica sobre la vida y las obras de los hombres de letras italianos, Brescia, Giambattista Bossini, 1762, vol. II, parte III, págs. 1879-88 ( Google books ).
• Giuseppe Pignatelli - Armando Petrucci (1971). «Giovanni Gaetano Bottari». En Istituto dell'Enciclopedia Italiana, ed. Dizionario biografico degli italiani (en italiano). Roma. p. 409-18. 
• Giovanni Gaetano Bottari, en Treccani.it – Enciclopedias en línea, III, Roma, Instituto de la Enciclopedia Italiana, 2007.
• Eugenio Salvatore: "No es una empresa que deba tomarse a la ligera". Giovanni Gaetano Bottari, filólogo y lexicógrafo de la IV Crusca, Florencia, Accademia della Crusca, 2016.