El protagonista del juego es Edward Elric, y podremos utilizar a lo largo del mismo la alquimia para conseguir distintos tipos de armas, ya sean cuchillos, espadas y demás. La historia comienza en el tren que Edward toma para llegar a ciudad Central, el cual es secuestrado por terroristas y éste se ve obligado a defenderlo de ellos, contaremos con la ayuda de Alphonse Elric, hermano del personaje principal con el cual podremos efectuar diferentes combinaciones, tanto de ataque como de defensa.