Franz Nissl nació en la pequeña ciudad de Frankenthal, en el suroeste de Alemania. Su padre enseñaba latín en una escuela católica y tenía la intención de hacer de Nissl un sacerdote. Sin embargo, el joven se opuso a esta idea y acabó desarrollando su carrera profesional en la medicina. Su madre sufría de trastornos mentales, por lo que el primer contacto de Nissl con una institución psiquiátrica fue a través de su propia familia.^[1]​

Realizó sus estudios de medicina en la universidad Universidad Ludwig Maximilian de Múnich. Más tarde, estudiaría psiquiatría como asistente del neuroanatomista alemán Johann Bernhard Aloys von Gudden.^[2]​

En el año 1889, Nissl entró a formar parte del equipo de psiquiatría del Städtische Irrenanstalt, el hospital psiquiátrico de ciudad de Frankfurt, unos meses después de conocer a Alois Alzheimer.^[3]​ Fue junto a él y en esa institución donde comenzó a centrar su trabajo en el estudio de la enfermedad mental y del sistema nervioso, al encontrar una relación entre este tipo de patologías y ciertos cambios observables en las células de la glía, el tejido del cerebro y elementos en la sangre. A lo largo de los siguientes siete años, Nissl y Alzheimer trabajaron juntos para desarrollar una investigación exhaustiva sobre las diferentes enfermedades que afectan al sistema nervioso. En 1894, Alzheimer comenzó a presentar su trabajo sobre la histología de la neurosífilis, en el que había participado Nissl.^[4]​^[2]​

En el año 1895, Emil Kraepelin, el entonces director del hospital psiquiátrico universitario de Heidelberg, invitó a Nissl a formar parte del equipo de esa institución como médico asistente. Cuando Kraepelin dejó el puesto para trasladarse a Múnich en 1903, Nissl se convirtió en el nuevo director. Un año más tarde, Nissl y Alzheimer darían comienzo al desarrollo de una serie de estudios sobre la histopatología de la corteza cerebral, que trataban los cambios patológicos que se dan durante la demencia paralítica.^[2]​

En 1918, Nissl aceptó una oferta de investigador en el Instituto Max Planck de Psiquiatría de Múnich, como director del departamento de histopatología, donde desarrolló su trabajo junto a Walther Spielmeyer y Korbinian Brodmann. Falleció un año más tarde, en 1919, debido a una enfermedad renal. Nunca se llegó a casar ni tuvo hijos.^[1]​^[2]​

En 1884, cuando era estudiante de medicina, Nissl desarrolló una técnica de tinción celular a través del «fijado del tejido en alcohol y su coloración con rojo magenta, seguida de la introducción de azul de metileno y, a continuación, azul de toluidina».^[5]​ Este método permitía una mayor diferenciación del núcleo, lo cual facilitaba el estudio en mayor detalle del interior de la célula.^[6]​ Además, dio acceso a nuevas estructuras de las neuronas que hasta entonces no se conocían: los fragmentos que adquirían un color azul oscuro fueron nombrados sustancia de Nissl en un principio; más tarde, tras indagar aún más en su estructura y funcionamiento, acabaría popularizándose el término retículo endoplasmático. En general, su técnica de coloración hizo más sencilla la tarea de estudiar la disposición y la citoarquitectura de las diferentes neuronas en las distintas partes del cerebro.^[7]​ Más tarde, sin embargo, Nissl se opondría a la teoría de las neuronas desarrollada a partir de los métodos de tinción elaborados por los neurocientíficos Camillo Golgi y Santiago Ramón y Cajal, basados —en gran medida— en su propio método.^[2]​

Nissl dio también nombre a las estructuras granulares que se encuentran en el cuerpo celular y las dendritas de las neuronas: los cuerpos de Nissl.^[8]​

• 1903: Die Neuronenlehre und ihre Anhänger
• 1904: Zur Histopathologie der paralytischen Rindenerkrankung
• 1908: (junto a Alois Alzheimer) Histologische und histopathologische Arbeiten über die Grosshirnrinde
• 1921: (junto a Alois Alzheimer) Histologie und Histopathologie

• Miembros de la Academia de Ciencias y Humanidades de Heidelberg