Es profesor ordinario de botánica, disciplina que ha enseñado en cátedras de Padua, Milán, Catania, Ferrara, y emérito de la Universidad de Camerino, donde ha dirigido el Departamento de Botánica y de Ecología y donde dirige la Escuela de Especialización en gestión del ambiente natural y de áreas naturales protegidas.

Ha recibido tres grados doctor honoris causa: dos en biología, conferidas en Cluj-Napoca (Universidad "Babeş-Bolyai") y de Iași (Universidad "A.I.Cuzain"), en Rumania, y uno en ecología y biogeografía por la Universidad de Palermo.

Se ha especializado en geobotánica y en fitodinámica, para lo cual ha redactado especificaciones cartográficas y publicado numerosos artículos, así como a los problemas de funcionamiento y conservación del ambiente y la naturaleza, así como la historia del ambientalismo, con especial referencia a la obra de algunos de los principales exponentes del primer movimiento para la protección de la naturaleza y de los parques nacionales italianos, como Alessandro Ghigi, Pietro Romualdo Pirotta, Erminio Sipari, Renzo Videsott. Ha sido curador de Guide alla natura editada en 1975 y en 1977, y reimpreso varias veces, por la Ed. Arnoldo Mondadori, en colaboración con la WWF, y fue uno de los editores del volumen Parchi nazionali publicado por De Agostini en 1978.

• Carta del paesaggio vegetale delle Marche, Camerino 1970

• Carta della vegetazione del Parco Nazionale dello Stelvio, Ministero dell'Agricoltura, Bormio 1974

• Carta della vegetazione del foglio Trento, CNR, Roma 1981

• Carta della vegetazione del Foglio Acquasanta, CNR, Roma 1982

• Carta della vegetazione del foglio Borgo Valsugana, IGM, Firenze 1987

• Carta della naturalita della vegetazione della regione Trentino-Alto Adige, Firenze 1997

• Cartografia geobotanica, Pitagora, Bologna 2004

• Plant and Vegetation Mapping, Springer, Berlín 2013.

• Alle origini del Parco nazionale d'Abruzzo: le iniziative di Pietro Romualdo Pirotta, Univ. de Camerino, 1988

• Il fervore dei pochi: il movimento protezionistico italiano dal 1943 al 1971, Temi, Trento 1998

• Il movimento italiano per la protezione della natura: 1948-1998, Università di Camerino, Camerino 2000

• Scritti sulla tutela delle risorse vegetali, Temi, Trento 2004

• Notizie storiche sul Parco nazionale dello Stelvio, Temi, Trento 2005

• Biogeografia della foresta, Università di Palermo, Palermo 2007

• Il Parco nazionale del Gran Paradiso nelle lettere di Renzo Videsott: trent'anni di protezione della natura in Italia, 1944-1974, Temi, Trento 2007

• Notizie storiche sul parco naturale Adamello Brenta, Temi, Trento 2008

• I pionieri della protezione della natura in Italia, Temi, Trento 2012.

• Guida alla natura della Lombardia e del Trentino Alto-Adige, Mondadori, Milano 1975

• Guida alla natura della Emilia Romagna e Marche, Mondadori, Milano 1977

• S.O.S. fauna: animali in pericolo in Italia. Scritti sulla difesa delle specie animali minacciate, WWF, Camerino 1976

• 100 anni di ricerche botaniche in Italia, 1888-1988, Società Botanica Italiana, Firenze 1988

• La societa botanica italiana per la protezione della natura: 1888-1990, Università di Camerino, Camerino 1990

• I parchi nazionali nel pensiero di Renzo Videsott, Università di Camerino, Camerino 1996

• La vegetation postglaciaire du passe et du present: syngenese, synecologie et synsystematique, Cramer, Berlino-Stoccarda 2004

presidente de

• Sociedad Botánica Italiana
• Comisión para la flora del Ministerio del Ambiente Archivado el 13 de enero de 2010 en Wayback Machine. y miembro del Comité científico de Pro Natura

Especies

• (Asteraceae) Taraxacum pedrottii Soest^[1]​

• (Ranunculaceae) Ranunculus pedrottii Spinosi ex Dunkel^[2]​

• A. Cederna. 1975. A cosa serve un parco nazionale: intervista col naturalista Franco Pedrotti, in Idem, La distruzione della natura in Italia, Einaudi, Turín, pp. 133-136

• J.B. Falinski. 1999. Franco Pedrotti. Geobotanico ed Amico della Natura e dell'Uomo, in «Phytocoenosis» 11: 3-13

• F. Pedrotti. 2004. Scritti sulle aree protette, Temi, Trento

• Luigi Piccioni. 2009. Alla ricerca di una storia dell'ambientalismo italiano: il contributo di Giorgio Nebbia e Franco Pedrotti, in «Società e Storia», rivista della FrancoAngeli, fasc. 124 (online)

• La abreviatura «F.Pedrotti» se emplea para indicar a Franco Pedrotti como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[3]​

• Anexo:naturalistas y epónimos

• «Franco Pedrotti». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

• Curriculum vitae en Univ. de Camerino (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
• Art. de M. Zeni, Nomade per natura, en «Vita Tridentina» del 3 de feb 2010 Archivado el 6 de marzo de 2016 en Wayback Machine.
•   Wikispecies tiene un artículo sobre Franco Pedrotti.