Nació en Budapest el 31 de julio de 1804, hijo del conde Franz Wisner von Morgenstern y Eva Hassko. Prestó sus servicios de forma breve en el ejército húngaro y luego en otros países europeos. En 1845 llegó a Sudamérica y por invitación de Carlos Antonio López vino a Paraguay para entrenar a los soldados paraguayos con las nuevas técnicas militares de Europa. En 1849 dirigió una expedición junto con el ese entonces General Francisco Solano López en la provincia argentina de Corrientes.

Para 1850 ya era un hombre de confianza para el gobierno paraguayo y gracias a él se logró traer a ingenieros militares británicos para la construcción del ferrocarril de Paraguay, líneas de telégrafo, entre otras obras. Desde entonces mantuvo una gran amistad con el coronel Jorge Thompson.^[2]​

En 1854 se casa con la paraguaya María Lorenza Elida Lugo, con la que tuvo 4 hijos: Antonio (1850), Francisco del Rosario (1854), María de la Concepción (1856) y Carlos Solano (1859), de ellos solo los dos mayores tuvieron descendencia conocida; de su hijo Antonio descienden los Wisner de Areguá y de su hijo Francisco del Rosario los Wisner de Itapuá, muchos de los cuales migraron a Misiones, Argentina.^[3]​

Unos años después, su esposa fallecería el 12 de octubre de 1864, luego de este suceso, Francisco nunca se volvería a casar.^[4]​^[5]​^[6]​

En 1863 Francisco Solano López le habría encomendado, entre otras cosas, la tarea de escribir una biografía del Dr. José Gaspar Rodríguez de Francia, lo cual hizo, pero por el estallido de la guerra no pudo editar y publicar sus escritos, los cuales cayeron en el olvido, recién en 1923 el teniente coronel croata-argentino José Boglich, recupera y publica dichos textos en un libro llamado El Dictador del Paraguay, José Gaspar Francia.^[7]​^[8]​

Se sabe que Wisner también llegó a actuar como maestro y educador, ya que le enseñó matemáticas, historia y ciencias a Juan Francisco "Panchito" López, hijo del mariscal López.^[9]​

En noviembre de 1864 inició la Guerra de la Triple Alianza, donde ayudó y aportó sus conocimientos de ingeniería militar en varias batallas importantes, como en la batalla de Riachuelo, la mayor batalla naval de la historia de Sudamérica y en la Batalla de Curupayty, la mayor victoria del ejército paraguayo en la Guerra.^[10]​

Durante la guerra ocupó el cargo de Jefe de Ingenieros al Servicio de Paraguay, de hecho, se le atribuye a Wisner junto con los coroneles Jorge Thompson y Luis Myzkowzky el diseño y confección de las defensas de las trincheras de Curupayty, que luego fueron modificadas y mejoradas por el general José Eduvigis Diaz.^[11]​^[12]​

Sus jóvenes hijos Antonio y Francisco del Rosario combatieron en la guerra con el rango de cabo en el batallón 30.^[13]​

En 1868 participó de la batalla de Itá Ybaté, donde fue capturado y llevado como prisionero de guerra al Brasil.

Una vez terminada la guerra volvió al Paraguay y realizó un mapa cartográfico de todo el país, que fue publicado en Viena en 1873, siendo uno de los mapas más detallados del Paraguay en esa época.^[14]​

Gracias a sus invitaciones empezaron a venir al Paraguay muchos inmigrantes europeos, como: Christian Heisecke, que ayudaron grandemente con la reconstrucción y repoblamiento del país.

Pasó sus últimos años de vida en Asunción junto con su familia y trabajando como jefe de la Estación Central del Ferrocarril y de la Oficina de Inmigración de Paraguay. El 12 de mayo, la prensa asuncena se hacía eco de la muerte del coronel húngaro cuando éste hacía prospecciones mineras en el Mbaracayú, Amambay.^[15]​^[16]​

En su honor una calle en la ciudad de Lambaré lleva su nombre (25°20′52″S 57°37′23″O / -25.3478673, -57.623107).

En 2020, se fundó la empresa paraguaya de Chocolates Wisner en la ciudad de San Antonio, Departamento Central, que lleva su nombre en homenaje a los aportes, conocimientos y personas que el coronel Wisner trajo de distintos países de Europa al Paraguay.^[17]​^[18]​^[19]​^[20]​