Se graduó en 2024 de técnico de farmacia y comienza a trabajar en una farmacia en Las Condes. Su familia lo describe como «cariñoso y cuidadoso, muy tranquilo».^[2]​

Francisco deja su departamento en el centro de Santiago la noche del 23 de mayo, con planes de juntarse con alguien que conoció a través de redes sociales;^[3]​ le responde a un amigo que estaba en un departamento en Ñuñoa,^[4]​ y más tarde comparte que comió cerdo y vomitó, lo que causó que su hermana le enviara un mensaje preguntando por qué lo comió si sabe que le hace mal.^[5]​ Él no ve el mensaje ni responde. La última ubicación de su celular se encuentra en las cercanías del Mall Plaza Egaña; otras personas intentaron contactarlo más tarde sin éxito.^[6]​

En la mañana del 24 de mayo no aparece a su trabajo, lo que sorprende a sus conocidos pues lo describen como muy responsable, y su familia decide presentar una denuncia por presunta desgracia y compartir su foto por redes sociales buscando información. Su foto es compartida por organizaciones como el Movimiento de Integración y Liberación Homosexual (Movilh) tras creer que su desaparición podría estar relacionada con violencia homofóbica, con la información de que habría salido a una cita concertada por aplicación tras lo cual se pierde su rastro.^[7]​

El 3 de junio Christian González Morales, médico de nacionalidad ecuatoriana,^[8]​ ingresó a la comisaría de Carabineros de Ñuñoa junto con su abogado y entregó información sobre el lugar donde se encontraba el cuerpo de Francisco Albornoz. Tras confirmar la información como verídica y la identificación del cuerpo por parte de la familia, quedó detenido en calidad de imputado.^[9]​

González declaró frente a la fiscal y reconoció haber estado con Albornoz esa noche junto a otra persona, y que más tarde, cuando muere por causas que se investigan, deciden deshacerse del cuerpo, lo suben a un automóvil, manejan por la ciudad y luego salen de Santiago y lo lanzan a una quebrada en el mirador Lo Moscoso, en la comuna de Placilla, región de O'Higgins.^[10]​

Tras encontrarse su cuerpo, el Movilh, Fundación Iguales y otras organizaciones LGBT piden justicia y argumentan preocupación por el aumento de la violencia y discriminación contra la población LGBT.^[11]​

La causa de muerte no está clara y se encuentra bajo investigación.^[12]​ Inicialmente se manejaba la teoría de que podría haber sido una sobredosis de drogas.^[13]​

El 4 de junio se detiene a un segundo involucrado.^[14]​^[15]​

Se maneja la posible premeditación en el actuar de los imputados en el crimen, según antecedentes que fueron filtrados a la prensa.^[16]​