Fue hija de Rodrigo Niño de Zapata y su esposa Teresa de Guevara.^[1]​ Su padre pertenecía a una importante familia noble radicada en Toledo y ejerció diversas misiones en servicio de Carlos I, incluyendo ser su embajador en Venecia desde alrededor de 1530^[2]​ hasta 1532.^[3]​^[4]​^[5]​ Francisca tuvo varios hermanos:^[6]​

• Juan Niño, I conde de Añover y caballero de Santiago. A pesar de que contrajo matrimonio dos veces, no tuvo sucesión.
• Gabriel Niño de Guevara, muerto en su juventud y que fue gentilhombre del archiduque Alberto de Austria.
• Fernando Niño de Guevara, eclesiástico, que llegó a ser arzobispo de Sevilla, inquisidor general y cardenal.
• Aldonza Niño de Guevara, casada con Garci Lasso de la Vega, señor de Batres, Arcos y Cuerva.

Contrajo matrimonio con Lope de Guzmán, I conde de Villaverde, noble de origen toledano como Francisca. El matrimonio tuvo cinco hijos:^[7]​

• Tello de Guzmán (-antes del 21 de enero de 1627), que sucedió a su padre siendo II conde de Villaverde. Casó en primeras nupcias con Francisca Portocarrero, sin descendencia; y en segundas con Ana María de Zúñiga, hija de Pedro de Zúñiga, II marqués de Aguilafuente, y de Ana Enríquez de Cabrera. Tuvo una hija de este segundo matrimonio, Magdalena Francisca de Guzmán y Guevara que sería III condesa de Villaverde.
• Juan de Guzmán, caballero de la Orden de Santiago.
• Luis de Guzmán, que pasó a Indias en 1600 desde Sevilla.^[8]​

• Rodrigo Niño (c. 1572-1627), jesuita que desempeñó elevados cargos en su orden como provincial de Toledo y rector del Colegio Imperial.
• Francisca Portocarrero, casada con Francisco de Rojas y Guevara, I conde de Mora; con descendencia.

Murió en fecha desconocida. Su marido murió hacia 1624.

1. ↑ Salazar, Luis de (1795). Arboles de costados de gran parte de las primeras casas de estos reynos, cuyos dueños vivian el año de 1683. en la Imprenta de D. Antonio Cruzado. p. 151. Consultado el 24 de octubre de 2024. 
2. ↑ Simancas, Archivo General de; Magdaleno Redondo, Ricardo (1976). Papeles de estado Venecia, siglos XV-XVIII. Archivo General de Simancas. pp. 2-12. ISBN 978-84-500-7404-8. Consultado el 6 de marzo de 2025. 
3. ↑ Pizarro Llorente, Henar (2005). «La incorporación de don Lope de Soria a la embajada en Venecia (1533-1534)». Annali di storia moderna e contemporanea (11): 113-140. ISSN 1124-0296. Consultado el 6 de marzo de 2025. 
4. ↑ Benavent, Júlia; Luo, Wanruo (2021). «La comunicación secreta de los embajadores españoles en Venecia: Rodrigo Niño, Lope de Soria y Diego Hurtado de Mendoza con Carlos V e Isabel de Portugal». Interconexiones: estudios comparativos de literatura, lengua y cultura italianas, 2021, ISBN 978-84-1377-911-9, págs. 237-250 (Dykinson): 237-250. ISBN 978-84-1377-911-9. Consultado el 6 de marzo de 2025. 
5. ↑ González Castrillo, Ricardo (2016). «Dos agentes de Francisco I de Francia: César Fragoso y Antonio Rincón». Chronica nova: Revista de historia moderna de la Universidad de Granada (42): 291-311. ISSN 0210-9611. Consultado el 6 de marzo de 2025. 
6. ↑ Haro, Alonso López de (1622). «Casa de los Niños de la Ciudad de Toledo y otros». En Luis Sánchez, ed. Nobiliario genealogico de los reyes y titulos de España: of 2. p. 213. Consultado el 6 de marzo de 2025. 
7. ↑ Rojas, Pedro de (1636). «De Lope de Guzmán, primero Conde de Villaverde. VII». Discursos ilustres, historicos, i genealogicos a don Pedro Pacheco, del consejo de su magestad en el supremo de Castilla, i general Inquisicion, i canonigo de la santa Iglesia de Cuenca por don Pedro de Rojas, cauallero de la Orden de Calatraua, ... por Ioan Ruiz de Pereda impressor del rei nuestro señor. pp. 81-83. Consultado el 24 de octubre de 2024. 
8. ↑ antepasadosblog (5 de octubre de 2018). «Pasajeros a Indias 1560 a 1566». Búsqueda de antepasados (Find your ancestors)- investigacionolvidados@gmail.com. Consultado el 25 de octubre de 2024.