En el año 1980 se licenció en Ciencias Químicas por la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), donde se doctoró en 1987 siendo el título de su tesis: “Empleo de escorias de horno alto como crudo en la obtención de cemento y modificación de sus fases por efecto del manganeso. Reacciones de hidratación”.^[1]​

Trabajó durante un breve periodo de tiempo como profesora de secundaria, labor que abandonó para iniciar, a partir del año 1984, su carrera como investigadora gracias a una beca de Formación del Personal Investigador (FPI), la cual le permitió dedicar todo su tiempo a la tesis doctoral, que dirigía el Profesor Tomás Vázquez Moreno, y en la que estudió “la incorporación de escorias cristalizadas de alto horno en la preparación de crudos de cemento, en sustitución parcial de las calizas y arcillas, con el objeto de conseguir mejoras de tipo ambiental, energético y económico”.^[1]​

Tras su doctorado entre 1988 y 1989 pasó a trabajar en el Instituto Eduardo Torroja del CSIC como becaria post-doctorado, siendo contratada más tarde como investigadora en el Centro de Investigación de Repsol Petróleo, siendo responsable del Laboratorio de Química del Estado Sólido en el Departamento de Analítica. Pasó a trabajar a partir de 1990 como Científica Titular en el IETcc-CSIC, llegando a ser Investigadora Científica en el año 2003 y consiguiendo plaza como Profesora de Investigación en el año 2009.^[1]​ Forma parte de la Comisión Permanente del Cemento del Ministerio de Fomento y de la Comisión de Mujer y Ciencia del CSIC por el Área de Ciencia y Tecnología de Materiales. Entre 2007 y 2016 formó parte de la Junta Directiva de la Asociación de Mujeres Investigadoras y Tecnólogas (AMIT), los tres últimos años como Secretària General.

Como investigadora Francisca Puertas Maroto ha trabajado en dos líneas fundamentalmente:^[1]​^[3]​

• la “Química del Cemento”, ámbito en el que se centra en el estudio físico-químico del proceso de fabricación de cementos, el empleo de procedimientos y materiales alternativos (residuos y subproductos industriales), así como en el impacto ambiental que estos materiales tienen.^[3]​
• los “Nuevos Materiales de Construcción”, estudiando cementos eco-eficientes y cementos especiales, el uso de aditivos en los mismos y el desarrollo de nuevos materiales.

Pese a ello hay que destacar que durante un tiempo se dedicó a una tercera línea de investigación, en la que se centraba en el estudio del Patrimonio Histórico-Artístico, investigando las causas de deterioro de los materiales de construcción antiguos mediante nuevos métodos, estudiando los materiales y desarrollando otros más idóneos (como morteros) para la de monumentos histórico-artísticos.^[1]​

Su extensa e intensa vida como investigadora ha dado lugar a una amplia gama de producciones científicas, que cuenta con más de 130 artículos en revistas indexadas y la participación en más de 70 publicaciones colectivas (capítulos de libros, monografías, proceedings de congresos).^[1]​

Destacan además los libros de los que es coautora como:^[4]​

• Aditivos para el hormigón: compatibilidad cemento-aditivos basados en policarboxilatos. Consejo Superior de Investigaciones Científicas, 2009. ISBN 9788400089078 Publicado junto a María del Mar Alonso López y Marta Palacios Arévalo.
• Empleo de residuos cerámicos como materia prima alternativa en la fabricación de cemento Pórtland (Monografías del Instituto Eduardo Torroja, octubre de 2011). ISBN 8400093682; ISBN 978-8400093686 Publicado junto a Irene García Díaz.

Además es, desde 1997, la directora de la revista científica internacional Materiales de Construcción (editada por el CSIC), y es miembro del Editorial Board de la revista internacional Cement and Concrete Composites.^[1]​

Por otra parte, su compromiso con la presencia y visibilización de la mujer en el ámbito de la ciencia y de la tecnología la llevó a asociarse a AMIT (Asociación de Mujeres Investigadoras y Tecnólogas) en 2002 y le ha hecho realizar conferencias y mesas redondas sobre esta temática y ha escrito y publicado el libro: El Papel de las Mujeres en la Ciencia y la Tecnología, (Santillana 2015).

En 2010 recibió el premio SOCIEMAT (Sociedad Española de Materiales) a la mejor carrera científica.^[1]​

• Digital.CSIC (divulgación): testimonios CSIC sobre Acceso Abierto. Francisca Puertas (IETCC-CSIC) [5]
• Entrevista a Francisca Puertas en NAN Arquitectura