Nacido en Estrasburgo, hijo del abogado Léon Rapp,^[3]​ es miembro de una familia católica y patriótica. Realizó sus estudios secundarios en el Jean Sturm Gymnasium y practicó el escultismo dentro de los Scouts de Francia. Refractario a la incorporación forzada, se unió a un grupo clandestino de escultismo que reunió a unos veinte jóvenes en el Monte Sainta Odilia desde diciembre de 1942.^[4]​ A finales de la década de 1960 se unió a la Asociación de Guías y Scouts de Europa y fue comisionado de la provincia de Alsacia hasta mediados de la década de 1980.

Se graduó de la agrégation d'histoire en 1952,^[5]​ también profesor en el Liceo Fustel-de-Coulanges de Estrasburgo entre 1952 y 1953 y residente de la Fondation Dosne-Thiers de 1956 a 1961, fue profesor en la facultad de Letras de Nancy de 1961 a 1972, también asistente en historia medieval en la Universidad Marc Bloch de Estrasburgo.^[6]​ Fue Doctor en Letras en 1972, antes de convertirse en profesor en la Universidad de Estrasburgo desde 1974.^[7]​

Fue profesor de Historia del Cristianismo en la Facultad de Teología protestante de Estrasburgo entre 1972 y 1991, fue profesor asociado en la universidad de Neuchâtel y profesor visitante en varias universidades de América del Norte y Europa.^[8]​

Miembro del Comité Consultivo de Universidades, el Consejo Superior de Órganos Universitarios, el Comité Nacional del Centro Nacional de Investigación Científica, el Consejo Científico y la Junta de Directores de la École Nationale des Chartes y la Escuela francesa de Roma, también fue miembro de la Academia de Ciencias, Letras y Artes de Alsacia, de la Academia de lasa Marchas del Este y la Academia de Ciencias y Humanidades de Gotinga.^[7]​

Miembro del consejo editorial de la revista Archiv für Reformationsgeschichte y colaborador de la Encyclopédie de l'Alsace y del Nouveau dictionnaire de biographie alsacienne, fue elegido en 1993 como miembro de la Academia de Inscripciones y Lenguas Antiguas en la sede de Emmanuel Laroche.^[7]​^[9]​

Murió el 29 de marzo de 2020 en Angers a la edad de 93 años, después de una infección con Covid-19.^[1]​^[10]​

• Caballero de la Legión de Honor.^[7]​
• Comandante de l'Ordre national du Mérite. (Il a été promu officier le 24 de junio de 2005, puede obtener el grado de comandante por decreto del 13 de mayo de 2016)^[11]​
• Comandante de l'ordre des Palmes académiques.

• Premio Guizot (2001).^[12]​
• Prix Eugène-Piccard de la Académie française (1983).

• Inventaire des sources manuscrites de l’histoire d’Alsace conservées dans les bibliothèques publiques de France, Paris, Fédération des sociétés d’histoire et d’archéologie d'Alsace, 1956.
• Le château-fort dans la vie médiévale : le château-fort et la politique territoriale, Strasbourg, Centre d'Archéologie médiévale, 1968.
• L’Église et la vie religieuse en Occident à la fin du Moyen Âge, Paris, PUF, coll. "Nouvelle Clio", 1971^[13]​ ISBN 978-2130505396
• Réformes et réformation à Strasbourg. Église et société dans le diocèse de Strasbourg (1450–1525), Paris, Ophrys, 1974.^[14]​
• Grandes figures de l’humanisme alsacien. Courants, milieux, destins, Strasbourg, Istra, 1978.
• Histoire de Strasbourg des origines à nos jours [under his dir.], 9 vols, Strasbourg, Dernières nouvelles de Strasbourg, 1981.
• Les origines médiévales de l’Allemagne moderne. De Charles IV à Charles Quint (1346–1519), Paris, Aubier, 1989.^[15]​ISBN 978-2700722246
• Histoire des diocèses de France : Le Diocèse de Strasbourg, Paris, Éditions Beauchesne, 1997.
• Koenigsbruck : l’histoire d’une abbaye cistercienne (with Claude Muller), Strasbourg, Société d’histoire et d’archéologie du Ried Nord, 1998.
• Le Saint-Empire romain germanique, d’Otton le Grand à Charles Quint, Paris, Éditions du Seuil, 2003. ISBN 978-2020555272
• Christentum und Kirche im 4. und 5. Jahrhundert, Heidelberg, Universitätsverlag Winter, 2003, ISBN 978-3825315238
• Christentum IV : Zwischen Mittelalter und Neuzeit (1378–1552), Stuttgart, Kohlhammer, 2006, ISBN 9783170152786
• Maximilien d'Autriche, Paris, Éditions Tallandier, 2007. ISBN 978-2-84734-053-2
• Protestants et protestantisme en Alsace de 1517 à nos jours [under his dir.], Strasbourg, Fédération des sociétés d’histoire et d’archéologie d'Alsace, 2007.
• Strasbourg [under his dir.], Paris, La Nuée Bleue, 2010.

• François Joseph Fuchs, « Francis Jean Joseph Rapp », en Nouveau dictionnaire de biographie alsacienne, vol. 30, p. 

• Rapp, Francis en Persée
• "Francis Rapp, vivre dans Strasbourg annexée", Francia 3.