Nacido en 1461 en Nápoles,^[1]​ fue el sexto y último de los hijos legítimos de los reyes de Nápoles Ferdinando I d'Aragona e Isabel de Clermont; sus hermanos mayores fueron Alfonso, Eleonora, Federico, Giovanni y Beatriz, sin contar varios medio hermanos que su padre tuvo con otras mujeres.^[2]​

En la época de su nacimiento el Reino de Nápoles estaba envuelto en guerra: poco después de la muerte de su abuelo Alfonso V en 1458, su padre había tenido que enfrentar la rebelión de los grandes barones napolitanos y el desembarco de las tropas del pretendiente francés al trono Jean de Anjou.

Francesco fue educado en la corte bajo la tutela de Antonio di Sessa y de Rutilio Zeno, y mantuvo estrecho contacto con Diomede Carafa, que fue para él una gran influencia.^[3]​

A los quince años de edad, en 1476 se embarcó en Manfredonia en dirección a Hungría acompañando a su hermana Beatrice, que viajaba a aquel reino para su matrimonio con el rey Matías Corvino; poco después se unió a ellos su hermano Giovanni, que había sido nombrado arzobispo de Estergom. Francesco pasó los siguientes ocho años de su vida en Hungría; bien considerado por el rey, formó parte de su cancillería mientras se instruía en el arte militar y en la cultura humanista de su tiempo.^[4]​

Fue durante su estancia allí cuando se concertó su matrimonio con Isabella, hija del príncipe de Altamura Pirro del Balzo, en un intento por atraer al príncipe a la fidelidad a la corona y por asegurar que tras su muerte sus feudos revirtieran a la Casa de Aragón.^[3]​

En agosto de 1484 Francesco regresó a Nápoles.^[5]​^[6]​ En los años anteriores el rey Ferdinando y su hijo Alfonso habían practicado una política centralizadora para aminorar el poder de los barones feudales y habían cargado a todo el reino con unos impuestos excesivos; las relaciones con Roma tampoco eran buenas, pues el rey se obstinaba en no pagar el censo debido a la Santa Sede,^[a]​ en usurpar su autoridad para el nombramiento de prelados y en imponer tributos al clero, y ahora el papa Inocencio VIII y los barones napolitanos hacían causa común en una guerra inminente.^[7]​^[8]​

En diciembre Francesco viajó a Roma junto a su hermano Giovanni y al cardenal Ascanio Sforza para representar una embajada de reconciliación con el papa, que no consiguió los objetivos buscados.^[9]​

Abiertas las hostilidades, en mayo de 1485 fue nombrado lugarteniente general del rey en los Abruzos, duque de Monte Sant'Angelo y marqués de Bisceglie, y fue enviado a Apulia para enfrentarse a su futuro suegro Pirro del Balzo, aunque no fue capaz de impedir la toma de Rutigliano por los rebeldes y la difusión de la rebelión. El año siguiente regresó al frente de siete escuadras para proseguir las acciones militares.^[10]​^[11]​

Murió en octubre de 1486 a los veinticuatro años de edad de una enfermedad pulmonar durante el transcurso de la campaña militar, antes de haber celebrado su matrimonio. Fue sepultado en la iglesia de Monteoliveto.^[12]​^[13]​^[14]​^[15]​^[16]​

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