Según los propios vecinos de la zona, Fraguas data del siglo XII.^[1]​

A mediados del siglo XIX, el lugar, ya por entonces perteneciente a Monasterio, tenía contabilizada una población de 80 habitantes.^[2]​ Su terreno se caracterizaba por su mala calidad y era poco productivo, con algunos prados naturales y una dehesa de pasto poblada de roble, marojo y jara.^[2]​ Producía trigo, centeno, patatas y pasto y se criaba ganado cabrio, lanar y vacuno, que se complementaba con la caza de perdices y conejos.^[2]​ En su término se citan varios manantiales de buenas aguas.^[2]​Aparece descrito en el noveno volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz de la siguiente manera:

FRAGUAS: l. del distrito municipal de Monasterio (1/4 de leg.), en la prov. de Guadalajara (6 1/2), aud. terr. de Madrid (16 1/2), c. g. de Castilla la Nueva, dióc. de Toledo (28 1/2). sit. al pie de la sierra llamada de Gorda, la que se desprenden las aguas hácia el pueblo, y combatido de los vientos E. y S. Su clima es húmedo y propenso á fiebres intermitentes: tiene 23 casas, la de ayunt. que sirve de cárcel; una igl. parr. (Santo Domingo de Guzman), aneja de la de Jocar, un cementerio situado fuera de la poblacion, á la dist. de 150 varas; confina el térm. N. San Tirso; E. Comun del marquesado de Cogolludo; S. Monasterio, y O. Jocar; dentro de él se encuentran varios manantiales de buenas aguas: el terreno es de mala calidad y poco productivo, comprende algunos prados naturales y una deh. de pasto poblada de roble, marojo y jara. caminos: los que dirigen á los pueblos limítrofes, escabrosísimos y malos á escepcion del que conduce á Monasterio. correo: se recibe y despacha en la estafeta de Cogolludo, por cualquier vecino que concurre á dicho punto. prod.: trigo, centeno, patatas y yerbas de pasto; se cria ganado cabrio, lanar y vacuno; caza de perdices y conejos. ind.: la agrícola. comercio: importacion de los art. de consumo qne faltan. pobl.: 23 vec., 80 alm. cap. prod.: 214,000 rs. imp.: 29,000. contr..: 1,026.

(Madoz, 1847, pp. 161-162)

La localidad y su término, con una extensión de 1134 hectáreas, fueron expropiados por el gobierno franquista en 1968 para declararlo monte de utilidad pública, forzando así su despoblación. Posteriormente fue transferido a la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha y en 2011 pasó a formar parte del Parque natural de la Sierra Norte de Guadalajara.^[3]​

En 2013 se estableció en Fraguas un grupo de repobladores, bajo el proyecto Fraguas Revive, lo que desató un litigio judicial con la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha tras ser denunciados por delitos de usurpación del monte, contra la ordenación del territorio y por daños al medio ambiente.^[4]​

La sentencia en primera instancia del Juzgado de lo Penal N.º 1 de Guadalajara condenó, en junio de 2018, a los seis repobladores a un año y seis meses de cárcel, además de al pago de una multa de 1080 euros también por delitos contra la ordenación del territorio y de otros 2160 euros por usurpación.^[5]​

En agosto del mismo año los repobladores interpusieron un recurso que fue desestimado por la Audiencia Provincial de Guadalajara en enero de 2019.^[3]​^[6]​ Esta confirmó la condena y añadió además que los seis repobladores corrieran con los gastos de la demolición, valorada por Tragsa en más de 32 000 euros,^[7]​ que, en caso de no pagarla, la condena de cárcel aumentaría a los dos años y tres meses.^[8]​

En abril de 2021, con la demolición de Fraguas ya en vías de ejecución, el CSIC advirtió de la ilegalidad del derribo del poblado. Según Felipe Criado-Boado, director del Instituto de Ciencias del Patrimonio, el pueblo era susceptible de estar protegido por la Ley de Patrimonio de Castilla-La Mancha, dada su construcción al estilo de la arquitectura negra, típica de la zona.^[1]​ Este informe hizo que la Audiencia Provincial paralizara la demolición de Fraguas, y rechazó el estudio realizado por Tragsa para la Junta, ordenando que se llevase a cabo un nuevo estudio imparcial con el que la Junta y los repobladores estuviesen de acuerdo.

Por otro lado, el 7 de diciembre de 2021 la Junta decidió emprender una vía administrativa y dio un plazo de diez días a los repobladores para abandonar la zona de manera voluntaria. Estos recurrieron la resolución administrativa y acudieron a la vía contencioso-administrativa, que decidió mantener el desalojo dictado por la administración castellano-manchega.^[7]​

El 24 de junio de 2022, el Juzgado de lo Penal N.º 1 de Guadalajara ratificó la sentencia que les condenaba por el delito contra la ordenación del territorio a una pena de un año y seis meses de prisión, y obligaba a la demolición de lo construido en la zona.^[9]​ El 11 de enero de 2023 la Audiencia Provincial, en respuesta al recurso presentado por el colectivo Fraguas Revive, aprobó un presupuesto de 110 000 euros para la demolición del pueblo y para una valla delimitadora de la zona, que tendrían que pagar los propios repobladores. De no pagar la demolición, recaerá sobre ellos una pena de dos años y tres meses de cárcel. Tras diez años de batalla judicial, los repobladores decidieron abandonar el proyecto.^[10]​

• Madoz, Pascual (1847). «Fraguas». Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar VIII. Madrid. Wikidata Q115624375.