El Registro Mundial de Especies Marinas acepta 63 especies válidas en el género:^[1]​

• Flabellina affinis (Gmelin, 1791)
• Flabellina albomaculata Pola, Carmona, Calado & Cervera, 2014
• Flabellina albomarginata (M. C. Miller, 1971)
• Flabellina alternata Ortea & Espinosa, 1998
• Flabellina amabilis Hirano & Kuzirian, 1991
• Flabellina arveloi Ortea & Espinosa, 1998
• Flabellina athadona (Bergh, 1875)
• Flabellina babai Schmekel, 1972
• Flabellina baetica Garcia-Gómez, 1984
• Flabellina bertschi Gosliner & Kuzirian, 1990
• Flabellina bicolor (Kelaart, 1858)
• Flabellina bilas (Gosliner & Willan, 1991)
• Flabellina borealis (Odhner, 1922)
• Flabellina browni (Picton, 1980)
• Flabellina bulbosa Ortea & Espinosa, 1998
• Flabellina californica (Bergh, 1904)
• Flabellina capensis (Thiele, 1925)
• Flabellina cerverai Fischer, van der Velde & Roubos, 2007
• Flabellina confusa Gonzalez-Duarte, Cervera & Poddubetskaia, 2008
• Flabellina cooperi (Cockerell, 1901)
• Flabellina cynara (Marcus & Marcus, 1967)
• Flabellina dana Millen & Hamann, 2006
• Flabellina delicata Gosliner & Willan, 1991
• Flabellina dushia (Marcus Ev. & Er., 1963)
• Flabellina engeli Ev. Marcus & Er. Marcus, 1968
• Flabellina evelinae Edmunds, 1989
• Flabellina exoptata Gosliner & Willan, 1991
• Flabellina falklandica (Eliot, 1907)
• Flabellina fogata Millen & Hermosillo, 2007
• Flabellina funeka Gosliner & Griffiths, 1981
• Flabellina goddardi Gosliner, 2010
• Flabellina gracilis (Alder & Hancock, 1844)
• Flabellina hamanni Gosliner, 1994
• Flabellina ilidioi Calado, Ortea & Caballer, 2005
• Flabellina insolita Garcia-Gomez & Cervera, 1989
• Flabellina iodinea (J. G. Cooper, 1863)
• Flabellina ischitana Hirano & Thompson, 1990
• Flabellina islandica (Odhner, 1937)
• Flabellina japonica (Volodchenko, 1937)
• Flabellina lineata (Lovén, 1846)
• Flabellina llerae Ortea, 1989
• Flabellina macassarana Bergh, 1905
• Flabellina marcusorum Gosliner & Kuzirian, 1990
• Flabellina nobilis (A. E. Verrill, 1880)
• Flabellina pallida (A. E. Verrill, 1900)
• Flabellina parva (Hadfield, 1963)
• Flabellina pedata (Montagu, 1816)
• Flabellina pellucida (Alder & Hancock, 1843)
• Flabellina poenicia (Burn, 1957)
• Flabellina polaris Volodchenko, 1946
• Flabellina pricei (MacFarland, 1966)
• Flabellina riwo Gosliner & Willan, 1991
• Flabellina rubrolineata (O'Donoghue, 1929)
• Flabellina rubromaxilla Edmunds, 2015
• Flabellina rubropurpurata Gosliner & Willan, 1991
• Flabellina salmonacea (Couthouy, 1838)
• Flabellina sarsi (Friele, 1902)
• Flabellina telja Marcus & Marcus, 1967
• Flabellina trilineata (O'Donoghue, 1921)
• Flabellina trophina (Bergh, 1890)
• Flabellina vansyoci Gosliner, 1994
• Flabellina verrucosa (M. Sars, 1829)
• Flabellina verta (Ev. Marcus, 1970)

Especies cuyo nombre ha dejado de ser aceptado por sinonimia:

• Flabellina alisonae Gosliner, 1980 aceptado como Flabellina bicolor (Kelaart, 1858)
• Flabellina fusca (O'Donoghue, 1921) aceptado como Flabellina trophina (Bergh, 1890)
• Flabellina ianthina Angas, 1864 aceptado como Pteraeolidia ianthina (Angas, 1864)
• Flabellina inornata A. Costa, 1866 aceptado como Spurilla neapolitana (Delle Chiaje, 1841)
• Flabellina newcombi Angas, 1864 aceptado como Facelina newcombi (Angas, 1864)
• Flabellina ornata Angas, 1864 aceptado como Austraeolis ornata (Angas, 1864)
• Flabellina scolopendrella Risbec, 1928 aceptado como Pteraeolidia semperi (Bergh, 1870)
• Flabellina semperi Bergh, 1870 aceptado como Pteraeolidia semperi (Bergh, 1870)
• Flabellina stohleri Bertsch & Ferreira, 1974 aceptado como Flabellina telja Marcus & Marcus, 1967
• Flabellina triophina aceptado como Flabellina trophina (Bergh, 1890)
• Flabellina verrucicornis A. Costa, 1867 aceptado como Berghia verrucicornis (A. Costa, 1867)
• Flabellina versicolor Costa A., 1866 aceptado como Favorinus branchialis (Rathke, 1806)

•  
  Flabellina affinis.
•  
  Flabellina amabilis.
•  
  Flabellina babai.
•  
  Flabellina bicolor.
•  
  Flabellina bilas.
•  
  Flabellina browni.
•  
  Flabellina capensis.
•  
  Flabellina exoptata.
•  
  Flabellina funeka.
•  
  Flabellina goddardi.
•  
  Flabellina gracilis.
•  
  Flabellina iodinea.
•  
  Flabellina ischitana.
•  
  Flabellina lineata.
•  
  Flabellina marcusorum.
•  
  Flabellina nobilis.
•  
  Flabellina pedata.
•  
  Flabellina pellucida.
•  
  Flabellina rubrolineata.
•  
  Flabellina salmonacea.
•  
  Flabellina trilineata.
•  
  Flabellina trophina.
•  
  Flabellina verrucosa

• Anexo:Taxonomía de los nudibranquios

• Petit, R. E. & Coan., E. V. (2008) The molluscan taxa made available in the Griffith & Pidgeon (1833-1834) edition of Cuvier, with notes on the editions of Cuvier and on Wood's Index Testaceologicus. Malacologia 50: 219-264. page(s): 222 (en inglés)
• Ángel Valdés (2003). Preliminary Molecular Phylogeny of the Radula-less Dorids (gastropoda: opisthobranchia), Based on 16S mtDNA Sequence Data. J. Moll. Stud. 69 (1): 75–80. doi:10.1093/mollus/69.1.75. | pdf completo| extracto (en inglés)
• Bouchet, P. & Rocroi, J.-P. 2005. Classification and Nomenclator of Gastropod Families. Malacologia 47 (1-2): 397 pp.. (Sep 2005) (en inglés)
• Gary R. McDonald. July 29, 2006. Nudibranch Systematic Index. Institute of Marine Sciences. Paper Nudibranch_Systematic_Index. - Nota: Buen recurso para listado de especies de algún género concreto, pero no para familias o superior ya que no se basa en la Taxonomía de Gastropoda (Bouchet & Rocroi, 2005). (en inglés)
• Neville Coleman (2008). Nudibranchs Encyclopedia: Catalogue of Asia/Indo-Pacific Sea Slugs. Neville Coleman's Underwater Geographic. ISBN 0-947325-41-7 (en inglés)
• An outline for the classification of Phylum Mollusca in taxonomic databases. Elaborado por editores de WoRMS para uso interno (junio 2010). (en inglés)
• Johnson R.F. & Gosliner T.M. (2012) Traditional taxonomic groupings mask evolutionary history: A molecular phylogeny and new classification of the chromodorid nudibranchs. PLoS ONE 7(4): e33479. (en inglés)

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•   Wikispecies tiene un artículo sobre Flabellina.
• Clasificación de los nudibranquios en:
  • WoRMS(en inglés)
  • ITIS(en inglés)
  • Taxonomicón(en inglés)
  • Catalogue of Life(en inglés)
• Descripción de muchas especies de nudibranquios: Seaslugforum(en inglés)