Nacido en el alcázar de Toledo,^[1]​ era el tercero de los hijos del matrimonio, tras sus hermanos Felipe y María.

Murió a los pocos meses de su nacimiento alrededor del mes de junio de 1530.^[3]​ El emperador se hallaba fuera de España en esos momentos, por lo que nunca conoció a su hijo.^[4]​^[1]​ Esta sepultado en el Panteón de Infantes del monasterio de El Escorial, en la sexta cámara, en el cuerpo inferior del conocido como mausoleo de párvulos bajo la inscripción^[5]​:

FERDINANDUS, CAROLI V FILIVS

1. ↑ ^{a b c d} Campo, Carlos Robles do (2005). «Los infantes de España en los siglos XVI y XVII». Anales de la Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía (9): 383-414. ISSN 1133-1240. Consultado el 21 de agosto de 2019.  Error en la cita: Etiqueta <ref> no válida; el nombre «:0» está definido varias veces con contenidos diferentes
2. ↑ Flórez, Enrique (1770). Memorias de las reynas catholicas. En la oficina de la viuda de Marin. Consultado el 13 de octubre de 2019. 
3. ↑ Campo, Carlos Robles do (2005). «Los infantes de España en los siglos XVI y XVII». Anales de la Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía (9): 383-414. ISSN 1133-1240. Consultado el 21 de agosto de 2019. 
4. ↑ Vicent, Vicente de Cadenas y (1998). «Una calumnia gratuita levantada al emperador Carlos V por uno de sus mejores historiadores : Manuel Fernández Alvarez». Hidalguía: la revista de genealogía, nobleza y armas (270): 625-608. ISSN 0018-1285. Consultado el 13 de octubre de 2019. 
5. ↑ Díez, José Rodríguez (2014). «Epitafios del Panteón de Infantes del Monasterio del Escorial y sus fuentes bíblicas». El mundo de los difuntos: culto, cofradías y tradiciones, Vol. 2, 2014, ISBN 978-84-15659-23-5, págs. 825-856 (Ediciones Escurialenses): 825-856. ISBN 9788415659242. Consultado el 13 de octubre de 2019.