Nació en Ñuñoa, Santiago de Chile, hijo de Alfonso Zegers Baeza y Carmen Santa Cruz Barceló.^[1]​ Su abuelo paterno fue el diputado Julio Zegers García-Huidobro (hijo de Julio Zegers Samaniego) y era bisnieto por el lado materno del senador Joaquín Santa Cruz Vargas. Contrajo matrimonio con María Teresa Aldunate Menéndez (hija del diputado Raúl Aldunate Phillips, y descendiente por el lado materno de José Menéndez Menéndez, empresario español radicado en la Patagonia).

Fernando Zegers estudió la carrera de derecho y se tituló de abogado en la Universidad de Chile. Ha sido profesor de Derecho Internacional del Mar tanto en su casa de estudios como en la Universidad de Los Andes.^[2]​

Una vez ingresado al servicio exterior chileno, fue ministro consejero de la misión chilena ante la República Federativa del Brasil, entre 1964 y 1966. En 1968 fue designado Representante Alterno ante la Organización de las Naciones Unidas (hasta 1971). En 1974 fue embajador delegado especial en Nicaragua, y entre 1974 y 1976 fue Embajador Alterno ante la misma Organización, con sede en la ciudad de Ginebra. Fue delegado en las Asambleas de las Naciones Unidas, los años 1972, 1973 y 1975.^[2]​

En 1978, el gobierno de Augusto Pinochet lo nombró embajador ante Brasil, cargo que ejerció hasta 1981. En 1984 fue acreditado como embajador ante el Reino de España (hasta 1986).^[2]​ El gobierno de Patricio Aylwin lo designó embajador de su país ante la Mancomunidad de Australia (1992-1996), y estuvo presente en la visita de Estado que hizo el primero en 1993.^[3]​

El gobierno de Sebastián Piñera lo acreditó en 2010 como embajador ante la Santa Sede Apostólica, durante el pontificado de Benedicto XVI.^[4]​