Eberty era hijo del banquero Hermann Eberty (nombre cambiado de Heimann Joseph Ephraim a Hermann Eberty en 1810) y su esposa Babette, de soltera Mosson. El abuelo de Felix Eberty fue el banquero Joseph Veitel Ephraim; su bisabuelo fue el factor de corte de Veitel-Heine Ephraim.^[1]​ Eberty se casó con la hija de un terrateniente, Marie Amalie Catharina, de soltera Hasse (nacida el 21 de mayo de 1822 en Barottwitz cerca de Breslau; fallecida en 1887 en Arnsdorf) y fue padre de cuatro hijas, incluida la mayor, Maria Carlotta Margarethe Stobbe,^[2]​ y la tercera, la autora de cuentos Babette von Bülow (seudónimo Hans Arnold).^[3]​

Eberty creció en Berlín y estudió en la Institución Cauer. También recibió lecciones privadas del matemático Jakob Steiner.^[4]​ De 1831 a 1834 estudió Derecho en Berlín y Bonn. Realizó sus prácticas jurídicas en Berlín, en el Tribunal Municipal y en el Tribunal de Cámara, bajo la dirección del presidente del Tribunal de Cámara, Wilhelm Heinrich von Grolman.^[5]​ En 1840 fue nombrado perito del tribunal de cámara y luego asesor de los jueces de Hirschberg, Lübben y Breslau. En 1849, después de dejar el servicio judicial, completó su habilitación, estudió derecho natural y penal y se convirtió en profesor asociado en 1854. Tras finalizar sus estudios se convirtió en miembro de la asociación literaria del Túnel del Spree en Berlín, a la que permaneció vinculado durante toda su vida. Murió el 7 de julio de 1884 en Arnsdorf, en las Montañas de los Gigantes.^[6]​

En 1846, mientras Eberty todavía trabajaba en el servicio judicial, publicó la obra de 28 páginas Die Gestirne und die Weltgeschichte: Gedanken über Raum, Zeit und Ewigkeit («Las estrellas y la historia del mundo: pensamientos sobre el espacio, el tiempo y la eternidad») en Breslau bajo el seudónimo de F.Y.^[7]​ El libro contemplaba a un observador lejano viendo «la tierra en este momento tal como existía en el tiempo de Abraham». Fue traducido al inglés y publicado en Londres el mismo año, sin que se mencionara ningún autor.^[8]​ Un año después, Eberty, todavía como F.Y., y bajo el mismo título con el añadido de II. Heft, publicó un suplemento.^[9]​

En 1855, en la primera edición de sus Naturwissenschaftliche Volksbücher, Aaron Bernstein presentó observaciones sobre el espacio, el tiempo y la velocidad de la luz que «un pensador desconocido y de mirada aguda» había hecho en un escrito anónimo.^[10]​ En su juventud, Albert Einstein leyó estos libros de divulgación científica, que se considera que tuvieron una influencia formativa en sus intereses y su futura carrera.^[11]​

En 1874, Eberty publicó una segunda edición alemana, esta vez bajo su nombre completo.^[12]​ Mientras tanto, la obra había gozado de gran éxito en Inglaterra y Estados Unidos. En el prefacio de la edición de 1874, Eberty afirma que la sexta edición ya estaba agotada en Londres en 1854.^[13]​ W. von Voigts-Rhetz consideró que esta edición era obra de un autor anónimo de habla inglesa y la tradujo al alemán en 1859.^[14]​ Albert Einstein escribió un prólogo para una nueva edición de Las estrellas y la historia del mundo en 1923 en el que llamó a Eberty «una persona original e ingeniosa.^[15]​

En su libro de 2006 Zwischen den Sternen: Lichtbildarchive («Entre las estrellas: archivos fotográficos»), el estudioso de la imagen Karl Clausberg afirma que los escritos de Eberty influyeron en Camille Flammarion, Hermann von Helmholtz, Albert Einstein, Ludwig Klages y Thure von Uexküll, así como en Walter Benjamin.^[16]​ Incluyó un facsímil de los escritos de Eberty en su libro y lo comentó extensamente.^[17]​

El biógrafo de Einstein, Jürgen Neffe, también ve una influencia en el joven Albert Einstein y escribe sobre la obra de Eberty: «Aquí encontramos también un pensamiento decisivo sobre la teoría especial de la relatividad: el momento viaja con la luz».^[18]​

• Beweis der Lehrsätze Band 2. Heft 3. Nr. 54. S. 287. En: Crelles Journal für die reine und angewandte Mathematik Bd. 5 (1830), p. 107–109
• De vera unionis prolium notione. Typis Francisci Baadeni, Bonnae 1834 (zugleich: Dissertation, Universität Bonn, 1834).
• Die Gestirne und die Weltgeschichte. Gedanken über Raum, Zeit und Ewigkeit. (1. Heft), Schulz, Breslau 1846. (Pseudonym F. Y.)
• Die Gestirne und die Weltgeschichte. Gedanken über Raum, Zeit und Ewigkeit. 2. Heft. Aderholz, Breslau 1847. (Pseudonym F. Y.)
• Die Gestirne und die Weltgeschichte. Gedanken über Raum, Zeit und Ewigkeit. Kern, Breslau 1874.
• Die Gestirne und die Weltgeschichte. Gedanken über Raum, Zeit und Ewigkeit. (1. und 2. Heft) Mit einem Geleitwort von Albert Einstein. Hrsg. von Gregorius Itelson. Rogoff, Berlin 1923.
• Die Gestirne und die Weltgeschichte. Gedanken über Raum, Zeit und Ewigkeit. (1. und 2. Heft) Mit einem Geleitwort von Albert Einstein. Hrsg. von Werner Graf. Comino, Berlin 2014, ISBN 978-3-945831-01-4 (E-Book).
• Versuche auf dem Gebiet des Naturrechts. Leipzig 1852.
• Über Gut und Böse. Berlin 1855.
• Walter Scott. Ein Lebensbild. 2 Bände. Breslau 1860; 2. Auflage 1870 (mehrfach übersetzt).
• Die Sterne und die Erde. Leipzig 1860.
• Lord Byron. Eine Biographie. 2 Bände. Leipzig 1862; 2. Auflage 1879.
• Geschichte des preußischen Staats. 7 Bände. Breslau 1867–1873.
  • Band 1: 1411–1688. Breslau 1867, 718 Seiten (Digitalisat).
  • Band 2: 1688–1740. Breslau 1868, 702 Seiten (Digitalisat).
  • Band 3: 1740–1756. Breslau 1868, 424 Seiten (Digitalisat).
  • Band 4: 1756–1763. Breslau 1869, 368 Seiten (Digitalisat).
  • Band 5: 1763–1806. Breslau 1870 (Digitalisat).
• Jugenderinnerungen eines alten Berliners. Berlin 1878 (Digitalisat).
  • Nach handschriftlichen Aufzeichnungen des Verfassers von J. von Bülow ergänzte und neu herausgegebene Ausgabe. Verlag für Kulturpolitik, Berlin 1925.
  • Neuausgabe der erweiterten Ausgabe von 1925, ergänzt um fehlende Kapitel der Ausgabe von 1878 und mit Anmerkungen versehen, Nachwort von Theodor Fontane. Berlin 2015, ISBN 978-3-945831-05-2.