De ascendencia indígena y rural, fue uno de los 11 hijos de Francisca Gutiérrez y Zenón Villanueva, quien fue presidente municipal. Su hermano mayor Luis quien tocaba el violín influyó en Felipe. A los diez años de edad participó en la banda de Tecámac, y escribió su "Cantata patriótica, el retrato del cura Hidalgo" para piano y cuatro voces; un año más tarde compuso su mazurca para piano El último adiós. En 1873 ingresó al Conservatorio Nacional de Música bajo la protección del director del plantel, Alfredo Bablot. Sin embargo fue dado de baja, más tarde por el plantel, de manera que debió costear sus estudios de piano y armonía en clases privadas con el maestro Antonio Valle, pero la esposa de Valle no lo veía con buenos ojos por lo que tuvo que volver a Tecámac, donde Hermenegildo Pineda si lo recibió en la banda de nuevo.^[3]​ Zenón intentó inscribirlo en el Instituto de Música de Toluca, y también fue rechazado.

Valentín Hernández si apoyó a los Villanueva, consiguió hospedaje en Ciudad de México en 1876, a los catorce años de edad, ingresó como violinista a la orquesta del Teatro Hidalgo dirigida por José Cornelio Camacho, de quien recibió lecciones de composición, pero pronto falleció su padre. Se cambió a la banda del Teatro Nacional. En 1879 la empresa internacional Wagner y Levien Sucs publicó sus piezas para piano La erupción del Peñol y La llegada del ciclón, que lo dieron a conocer entre el público mexicano.

En 1887 fundó, junto el Grupo de los Seis: Ricardo Castro, Gustavo E. Campa, Juan Hernández Acevedo, Carlos J. Meneses e Ignacio Quesada, el "Instituto Musical", una academia oficial que transformó la enseñanza musical de México con una contribución fundamental de Villanueva, quien difundió obras de Johann Sebastian Bach, Frédéric Chopin, Franz Liszt y Antón Rubinstein.

El profesor José Ovando Ramírez en su libro "Felipe Villanueva Gutiérrez, su época, su vida, su obra", hace referencia al hecho de que este ilustre músico y compositor desarrolló otro estilo con su obra, en la época en que la música italiana predominaba en las preferencias musicales en Europa y América, incluido México, aunado a ciertas reminiscencias del vals vienés que introdujo una orquesta austriaca en México en la época del emperador Maximiliano. Sumado a la originalidad de las composiciones musicales mexicanas, dieron lugar a considerar a Felipe Villanueva Gutiérrez como uno de los destacados precursores del nacionalismo musical mexicano del siglo xix, época en la que el vals mexicano se distinguió por sus tiempos pausados, con carácter íntimo, añoranzas en su rítmica y de notable calidad musical, como el vals Dios nunca muere de Macedonio Alcalá, Sobre las olas de Juventino Rosas y Vals poético, primer vals de un grupo de tres valses lentos Causerie, Amor las mazurcas: Evelia, En el baile, Sueño dorado y las danzas Ana y Luz de Felipe Villanueva Gutiérrez.

En 1892, creó junto con Gustavo E. Campa y Carlos Meneses, la Sociedad Anónima de Conciertos para dar dar a conocer a través de conciertos, una música desconocida en México, lo cual su realización vigorizó el gusto por la música en el país, además de provocar entusiasmo por la música alemana. Escribió la ópera cómica Keofar (1892), que se estrenó en el Teatro Nacional de Ciudad de México, con mucho éxito. Su Vals poético^[4]​ se conoce tanto en la versión para piano como en el arreglo sinfónico que de él hizo Gustavo Campa. Su obra para piano ha sido grabada por varios concertistas mexicanos.

Falleció en 1893 a la edad de 31 años,^[1]​ dejando numerosas obras para canto y piano. Sus restos mortales fueron trasladados en 1945 a la Rotonda de las Personas Ilustres de la Ciudad de México.^[5]​

1. ↑ ^{a b} Redacción (28 de mayo de 2013). «1893: Muere el músico y compositor mexicano Felipe Villanueva». El Siglo de Torreón. Consultado el 29 de mayo de 2018. 
2. ↑ «Biografías: Felipe Villanueva y Ricardo Castro». El Cantar del Ajolote. 12 de diciembre de 2011. Consultado el 29 de mayo de 2018. 
3. ↑ «eusebio ruvalcaba». eusebio ruvalcaba. 4 de junio de 2012. Consultado el 21 de julio de 2025. 
4. ↑ Enrique Velázquez (28 de octubre de 2008), Vals Poético - Felipe Villanueva, consultado el 21 de julio de 2025 .
5. ↑ «Personajes, hombres y mujeres ilustres de México». México Máxico. Consultado el 29 de mayo de 2018. 

• Herrera y Ogazón, Alba (1992). Consejo Nacional para la Cultura y las Artes, ed. El arte musical en México: antecedentes, el conservatorio, compositores e intérpretes (Facsímil). Ciudad de México: Consejo Nacional para la Cultura y las Artes (publicado el 1912). pp. 145-147. OCLC 221719783. 
• Carredano, Consuelo (1992). Felipe Villanueva: 1862-1893. Centro Nacional de Investigación, Documentación e Información Musical 'Carlos Chávez'. p. 171. ISBN 9682940451. OCLC 728737054. 
• Sesto, Julio (1929). «Felipe Villanueva, compositor». La bohemia de la muerte: biografías y anecdotario pintoresco de 100 mexicanos celebres en el arte, muertos en la pobreza y el abandono, y estudio crítico de sus obras. México, D. F.: Ediciones Tricolor. OCLC 253440670. 
• Sosa M., José Octavio; José OctavioMéndez Padilla, Francisco (2003). Diccionario de la ópera mexicana. Teoría y práctica del arte (1.ª edición). México, D. F.: Consejo Nacional para la Cultura y las Artes, CONACULTA. ISBN 970350535X. OCLC 63701615. 
• Villanueva, Felipe; Zuk, Eva María (2000). Obras para piano. Reproduce una antología de piezas para piano (1.ª edición). Toluca: Instituto Mexiquense de Cultura. p. 128. ISBN 9684844905. OCLC 253498243.