Obtuvo el doctorado en Estudios Mesoamericanos en la Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM. Es investigador del Instituto de Investigaciones Históricas y miembro del Sistema Nacional de Investigadores. También ha impartido clases y coordinado seminarios en las mismas instituciones.^[5]​^[6]​ En el 2019 publicó la plataforma "Noticonquista", proyecto que narra y analiza día a día la conquista de México a través de Twitter.^[7]​

Entre los libros que ha escrito se encuentran:

• Historia de la venida de los mexicanos y otros pueblos e historia de la conquista, (estudio y traducción de la crónica de Cristóbal del Castillo) 1991
• La vida cotidiana en tiempos de los mayas, 1996
• La migración de los mexicas, 1998
• La conquista de México, 2000 y 2001
• Las relaciones interétnicas en México, 2004
• Los pueblos indígenas del México contemporáneo, 2008
• Los orígenes de los pueblos indígenas del valle de México. Los altépetl y sus historias, 2011
• Hacia otra historia de América, 2015
• México Racista: una denuncia, 2016
• Alfabeto del racismo mexicano, 2017

Ha publicado diversos artículos académicos y de divulgación en publicaciones como Letras Libres y Horizontal, tales como "Alfabeto Racista Mexicano".^[8]​ Algunos de sus estudios más críticos los encontramos en la afamada revista Estudios de Cultura Náhuatl, editados por la UNAM, entre los que se encuentran:

• Las fuentes indígenas más allá de la dicotomía entre historia y mito; volumen 30, 1999.
• Chichimecas y toltecas en el valle de México; volumen 42, 2011.
• Más allá de la cosmovisión y el mito. Una propuesta de renovación conceptual; volumen 56, 2018.

Ha desarrollado y aplicado el concepto de los "cronotopos" a partir de la ideas literarias de Mikhail Bakhtin, inicialmente en dos artículos desde la revista Res. Aesthetics and Anthropology:

• The path from Aztlan to Mexico, on visual narration in Mesoamerican codices. Vol. 37, 2000
• The Hidden Codes of the Codex Azcatitlan. Vol. 45, 2004

En 1998 publicó la novela histórica Huesos de Lagartija.

1. ↑ «Federico Navarrete - Detalle del autor - Enciclopedia de la Literatura en México - FLM - CONACULTA». www.elem.mx. Consultado el 11 de julio de 2019. 
2. ↑ «Para la Conquista se formó un ejército indoespañol, dice Federico Navarrete | La Crónica de Hoy». www.cronica.com.mx. Archivado desde el original el 11 de julio de 2019. Consultado el 11 de julio de 2019. 
3. ↑ «Hernán Cortés terminó sus días triste y frustrado: Federico Navarrete». Excélsior. 15 de abril de 2019. Consultado el 11 de julio de 2019. 
4. ↑ «El tema de la Conquista es muy pasional: Federico Navarrete - MVS Noticias Luis Cárdenas». MVS Noticias. 27 de marzo de 2019. Consultado el 11 de julio de 2019. 
5. ↑ «UNAM IIH - Resumen curricular de Federico Navarrete Linares». www.historicas.unam.mx. Consultado el 11 de julio de 2019. 
6. ↑ «Federico Navarrete Linares». PAC. Consultado el 7 de julio de 2019. 
7. ↑ Vargas, Marcela. «Noticonquista, proyecto que narra la Conquista de México un tuit a la vez». https://www.mexico.com. Consultado el 11 de julio de 2019. 
8. ↑ Navarrete, Federico. «Federico Navarrete – Horizontal». Archivado desde el original el 11 de julio de 2019. Consultado el 11 de julio de 2019.