Era hijo del gran duque Federico I de Baden y de la princesa Luisa de Prusia. Cursó estudios en la Universidad de Heidelberg.

El 20 de septiembre de 1885, Federico se casó con la princesa Hilda de Luxemburgo, hija del gran duque Adolfo de Luxemburgo. La pareja no tuvo hijos.

Tras la muerte de su padre, el 28 de septiembre de 1907, se convirtió en gran duque de Baden como Federico II de Baden.

Durante la Primera Guerra Mundial, Baden formaba parte del Imperio alemán y por lo tanto, tras la derrota alemana, Federico fue obligado a abdicar el 22 de noviembre de 1918, con el resto de los reyes, príncipes y grandes duques que formaban dicho Imperio.

Vivió en Alemania el resto de su vida.

Murió el 8 de agosto de 1928 en Badenweiler. Le sucedió su primo, Maximiliano de Baden. Actualmente el heredero al trono del Gran Ducado de Baden es Maximiliano Andrés, margrave de Baden.

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•   Soberano gran maestre de la Orden de la Fidelidad (  Gran Ducado de Baden).
•   Soberano gran maestre de la Orden Militar de Carlos Federico (  Gran Ducado de Baden).
•   Soberano gran maestre de la Orden de Bertoldo I (  Gran Ducado de Baden).
•   Soberano gran maestre de la Orden del León de Zähringen (  Gran Ducado de Baden).
•   Caballero de la Orden del Águila Negra (  Reino de Prusia).
•   Caballero de la Real Orden de los Serafines (  Reino de Suecia).
•   Caballero de la Orden de San Andrés (  Imperio ruso).
•   Caballero de la Orden del Elefante (  Reino de Dinamarca).
•   Caballero de la Suprema Orden de la Santísima Anunciación (  Reino de Italia).
•   Caballero de la Orden de San Huberto (  Reino de Baviera).
•   Caballero de primera clase de la Cruz de Hierro (  Reino de Prusia).
•   Caballero de segunda clase de la Cruz de Hierro (  Reino de Prusia).

• Margraviato de Baden
• Anexo:Soberanos de Baden