Amaya debutó en Independiente en el Torneo de Apertura 1997, el 28 de noviembre ante Colón, marcando un gol en el 2:1 final. Tras 37 partidos y 3 goles, Amaya deja El Rojo para iniciar una larga carrera por diferentes equipos de Ecuador, Venezuela, Chile y Catar.

En Universidad de Chile se fue molesto del equipo, al no ser convocado por el técnico Héctor Pinto para la final del Torneo de Apertura. Amaya declaró que no ser citado a ese partido "Es como desnudar a una mujer inalcanzable que llevas a tu casa y quedarse dormido".^[2]​

En el Barcelona SC, Amaya elevó un reclamo a la FIFA tras ser separado del plantel antes de que su contrato terminara. Desde Zúrich obligaron al equipo a compensar al jugador, o de lo contrario se verían expuestos a un descenso administrativo.^[3]​^[4]​

• Ficha en BDFA
• Ficha en ceroacero

1. ↑ https://www.lanueva.com/nota/2008-7-29-9-0-0--pensar-que-naci-por-un-milagro
2. ↑ S.A.P, El Mercurio (25 de junio de 2004). «Amaya se enoja en la "U" y prepara despedida | Emol.com». Emol. Consultado el 30 de junio de 2020. 
3. ↑ juancastromdp (22 de noviembre de 2007). «Amaya Ezequiel». En Una Baldosa. Consultado el 30 de junio de 2020. 
4. ↑ Marchioni, Santiago (21 de marzo de 2013). «¿Qué es de la vida de Ezequiel Amaya?». LocoXelRojo.com | Club Atlético Independiente. Consultado el 30 de junio de 2020.