Gaffney se graduó de la Universidad Estatal de Rutgers en 1965 y recibió su doctorado en 1969 con una tesis sobre "La baenoidea norteamericana y la dicotomía Cryptodire-Pleurodire" de la Universidad de Columbia, donde también enseñó como profesor adjunto durante la mayor parte de su carrera. Fue contratado como curador de reptiles fósiles, anfibios y aves en 1970 en el Departamento de Paleontología de Vertebrados del Museo Americano de Historia Natural. Comenzó con el rango de Asistente de Curador en 1970, fue ascendido a Curador Asociado en 1973 y a Curador en 1980. Se retiró en 2007 como Curador Emérito. Es autor de más de 100 publicaciones sobre sistemática y filogenia de las tortugas.^[1]​

El Dr. Gaffney fue pionero en el uso de cladística en la investigación de tortugas.^[2]​ Ha realizado trabajos de campo en Canadá y Estados Unidos, Europa central, África meridional, China, Argentina, Brasil y especialmente Australia, donde ha estudiado la evolución de la Meiolania, la tortuga cornuda gigante.^[3]​

El Simposio Gaffney Turtle sobre tortugas fósiles se llevó a cabo en su honor en el Museo Royal Tyrrell en Drumheller, Alberta, Canadá, en 2009.^[4]​^[5]​ El simposio resultó en una publicación que contenía varios artículos en campos asociados con Gaffney como así como dos biografías y una bibliografía completa de Gaffney.

Varias especies de tortugas fósiles, incluyendo la tortuga marina protostegidae, Santanachelys gaffneyi, Gaffneylania auricularis,^[6]​ y la Macrobaenidae Aurorachelys gaffneyi^[7]​ también han sido nombradas en su honor.

• Brinkman, D.B., Holroyd, P.A., Gardner, J.D. (2012).(editors) "Morphology and Evolution of Turtles: Proceedings of the Gaffney Turtle Symposium 2009". Springer Dordrecht, 577 pp.
• Gaffney, E,S. (1972). The systematics of the North American family Baenidae (Reptilia, Cryptodira). Bulletin of the American Museum of Natural History, 147: 241-320.
• Gaffney, E. S. (1975). A phylogeny and classification of the higher categories of turtles. Bulletin of the American Museum of Natural History 155(5): 389-436. on-line
• Gaffney, E. S. (1979). The Jurassic turtles of North America. Bulletin of the American Museum of Natural History 162 (3): 91-136.
• Gaffney, E. S. (1979). An introduction to the logic of phylogeny reconstruction. In J. Cracraft and N. Eldredge (editors), Phylogenetic analysis and paleontology: 79-111. New York: Columbia University Press.
• Gaffney, E. S. (1980). Phylogenetic relationships of the major groups of amniotes. In A. L. Panchen (editor), The terrestrial environment and the origin of land vertebrates: 593-610. London, New York: Academic Press.
• Gaffney, E. S., & P. A. Meylan. (1988). A phylogeny of turtles. In M. J. Benton, (editor), The phylogeny and classification of tetrapods: 157-219. Oxford: Clarendon Press.
• Gaffney, E. S. (1990). Dinosaurs A Golden Guide. Western Publishing Company, Inc. 160 pp.
• Norell, M. A., Gaffney, E. S., & Dingus, L. (1995). Discovering Dinosaurs in the American Museum of Natural History. Alfred A. Knopf, 204 pp.
• Gaffney, E. S. (1996) The postcranial morphology of Meiolania platyceps and a review of the Meiolaniidae. Bulletin of the American Museum of Natural History ; no. 229 on-line
• Gaffney, E. S., Tong, H., & Meylan, P. A. (2006) Evolution of the side-necked turtles : the families Bothremydidae, Euraxemydidae, and Araripemydidae. Bulletin of the American Museum of Natural History, no. 300 on-line

• Research.amnh.org: American Museum of Natural History − Phylogeny of turtles — sitio web oficial de Eugene Gaffney.