En las dos primeras fases, el método de clasificación se define por cantidad de puntos logrados, mas no por diferencia de goles. En caso de igualdad se programará un tercer partido de desempate y en caso de persistir de recurrirá a los tiros penales.

Primera Fase

Se jugará en llaves de ida y vuelta los campeones y subcampeones de las diferentes provincias del departamento de Arequipa; a excepción de las provincias de Condesuyos y La Unión, de las cuales solo se clasificó un equipo representante. En la provincia de Caravelí el subcampeón Los Chinitos de Atico no pudo inscribirse en la etapa departamental debido a que no tenía sus Registros Públicos actualizados, por lo que se clasificó el tercer lugar Los Íntimos La Victoria.^[1]​ Clasificarán todos los ganadores y el mejor perdedor.^[2]​

Segunda Fase

Los 8 equipos clasificados se enfrentarán por medio de llaves de ida y vuelta. Los ganadores de las llaves pasarán a la siguiente fase.^[3]​

Cuadrangular Final

Los 4 equipos ganadores jugarán un cuadrangular final donde se determinarán el campeón y subcampeón, estos serán los clasificados a la etapa nacional. El equipo que acumule más puntos será proclamado campeón. En caso de empate de puntos se define al campeón en un partido de desempate. Si empatan en segundo lugar dos equipos, también se jugará un partido extra para determinar al subcampeón.^[4]​

1. ↑ ^{a b} «Chinitos sigue peleando su participación copera – Ovacion del Sur». Consultado el 5 de agosto de 2025. 
2. ↑ «Copa Perú 2018: Etapa Departamental de Arequipa – Ovacion del Sur». Consultado el 5 de agosto de 2025. 
3. ↑ «Copa Perú 2018: Etapa departamental del fútbol macho llega a la recta final - Diario deportivo Todo DxT». www.tododxt.pe. 25 de julio de 2018. Consultado el 5 de agosto de 2025. 
4. ↑ «Arequipa: Social Corire busca clasificar a nacional de la Copa Perú 2018 - Diario deportivo Todo DxT». www.tododxt.pe. 2 de agosto de 2018. Consultado el 5 de agosto de 2025. 
5. ↑ Correo, Redacción (1 de julio de 2018). «Sportivo Huracán e Independiente son los representantes de Arequipa». Correo. Consultado el 5 de agosto de 2025. 
6. ↑ «Copa Perú 2018: Buenos Aires se convierte en campeón de Camaná en la etapa provincial - Diario deportivo Todo DxT». www.tododxt.pe. 2 de julio de 2018. Consultado el 5 de agosto de 2025. 
7. ↑ Correo, Redacción (7 de julio de 2018). «Deportivo Chinitos de Caravelí es descalificado en la Copa Perú». Correo. Consultado el 5 de agosto de 2025. 
8. ↑ «Arequipa: Social Deportivo Corire es campeón de Castilla para la Copa Perú 2018 - Diario deportivo Todo DxT». www.tododxt.pe. 2 de julio de 2018. Consultado el 5 de agosto de 2025. 
9. ↑ Correo, Redacción (2 de julio de 2018). «El título de la provincia de Caylloma es de Social Andino». Correo. Consultado el 5 de agosto de 2025.