El EMACON está integrado por:^[1]​

• El Jefe del Estado Mayor Conjunto de la Defensa (JEMACON) y sus órganos de apoyo personal.
• La Secretaría General del Estado Mayor Conjunto de la Defensa (SEGEMACON). Es el órgano responsable de apoyar y auxiliar directamente al JEMACON en la dirección del Estado Mayor Conjunto, así como del apoyo técnico-administrativo a los órganos del Cuartel General del Estado Mayor de la Defensa. Le corresponde, también, el asesoramiento y apoyo en los asuntos que, siendo responsabilidad del EMACON, no son específicos de las divisiones que lo componen.
• La División de Planes (DIVPLA). Es el órgano responsable de elaborar y coordinar el planeamiento de Fuerza y su integración en el planeamiento de defensa, de desarrollar los cometidos relacionados con el proceso de obtención de recursos materiales en los que el JEMAD sea competente y de impulsar los procesos de transformación de las capacidades militares de las Fuerzas Armadas. Asimismo, es responsable de elaborar y coordinar la postura de las Fuerzas Armadas ante las OISD en el ámbito logístico y ejercer la representación del JEMAD ante estas organizaciones en lo referente a sus cometidos como autoridad nacional de planeamiento militar, en especial en la propuesta de capacidades militares.
• La División de Estrategia (DIVESTRA). Es el órgano responsable de elaborar y desarrollar la estrategia militar contenida en el concepto de empleo de las Fuerzas Armadas, así como de coordinar la postura y representar a las Fuerzas Armadas en las OISD ante las que el JEMAD tenga responsabilidades. Planifica la participación española en unidades en el extranjero dependientes del JEMAD. Planea, coordina y controla las actividades derivadas de las relaciones militares bilaterales y multilaterales que competan al JEMAD. Asimismo, apoya al JEMAD en el planeamiento, conducción y seguimiento de las operaciones militares en el nivel estratégico, desarrollando los procesos necesarios y confeccionando los documentos de planeamiento correspondientes.
• La División de Desarrollo de la Fuerza (DIVDEF). Es el órgano responsable de liderar el proceso transversal de Desarrollo de la Fuerza, comprendiendo los esfuerzos de preparación e interoperabilidad y coordinando la orientación de la preparación conjunta. Lidera, asimismo, el proceso de prospectiva, definiendo el marco estratégico militar. Impulsa y dirige el desarrollo y la experimentación de nuevos conceptos. Promueve y coordina el estudio y desarrollo de la doctrina conjunta y combinada. Mantiene las relaciones necesarias con los organismos homólogos de doctrina y desarrollo de la fuerza. Promueve y coordina el proceso conjunto de lecciones aprendidas y mejores prácticas.
• La Jefatura Conjunta de Sanidad (JECOSAN). Es el órgano responsable de dirigir y coordinar los aspectos relacionados con la sanidad operativa, en el ámbito de sus competencias. Para ello, imparte directrices dirigidas a orientar la preparación y empleo de las capacidades sanitarias operativas derivadas del Planeamiento Militar. Además, participa en el desarrollo y establecimiento de las normas de acción conjunta en este ámbito.
• La Célula Nacional Contra Artefactos Explosivos Improvisados (CENCIED). Tiene la misión de impulsar y coordinar el desarrollo de la capacidad de lucha Contra Artefactos Explosivos Improvisados (C-IED) en las Fuerzas Armadas y la postura de éstas ante las OISD en este ámbito, así como de apoyar, dentro del ámbito que se requiera, en el planeamiento y conducción de las operaciones militares. Constituye el enlace nacional del Centro de Excelencia Contra Artefactos Explosivos Improvisados (CoE C-IED), con el Centro Nacional de Inteligencia (CNI) y con las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado.
• La Unidad de Verificación Española (UVE). Es el órgano responsable de planear, coordinar, controlar y ejecutar las actividades que corresponden a las Fuerzas Armadas, en conjunción con las llevadas a cabo por otros órganos de la Administración, derivadas de la asunción por parte de España de diversos compromisos internacionales relacionados con el desarme, el control de armamentos y el establecimiento de medidas de confianza y seguridad, así como la verificación de su cumplimiento por otros Estados.
• La Sección de Gestión de la Información y del Conocimiento (SGIC). Se encarga de identificar y mantener actualizados los principales procesos funcionales y operativos del EMAD, planeando y desarrollando la estructura más adecuada de Gestión de la Información y del Conocimiento en el ámbito del EMAD y su implantación. Asimismo, propone medidas de coordinación de los procesos troncales transversales definidos por el JEMAD para enlazar con los procesos específicos.
• La Jefatura de Seguridad y Servicios del Cuartel General del EMAD (JESES-CGEMAD). Asume el mantenimiento de las instalaciones, apoyando en materia de vida y funcionamiento al CGEMAD y a aquellas unidades dependientes del JEMAD que se determinen y a sus componentes. Organiza y dirige la seguridad que precise el personal destinado en el CGEMAD y de sus dependencias. Además, lleva a cabo las gestiones en materia medioambiental, eficiencia energética y prevención de riesgos laborales en el CGEMAD.

• Orden Defensa/1076/2005, de 19 de abril, por la que se desarrolla la estructura del Estado Mayor de la Defensa
• Organigrama del Estado Mayor de la Defensa, Ministerio de Defensa de España.