Nació en Austria en el seno de una familia burguesa.

Estudió en la Universidad de Viena, donde alcanzaría posteriormente el doctorado.^[1]​

Al menos desde la segunda mitad de la década de 1810 fue preceptor del príncipe Víctor de Metternich, hijo primogénito del entonces canciller del Imperio austríaco, Clemens.^[2]​

Posteriormente, pasó a trabajar a las órdenes de Clemens von Metternich en la Cancillería de Casa, Corte y Estado como jefe de la sección de Expediciones, con el rango de secretario aúlico.

En 1841 fue ennoblecido por Fernando I de Austria. Fue autor de algunos artículos sobre política, en la línea de Metternich.^[3]​Asimismo, en 1847, le fue dedicado un libro de viajes (Vogelperspektiven eines Wanderlustigen, en español, Vista de pájaro de un aficionado al senderismo) obra de August Schilling.^[4]​Con motivo de esta dedicatoria, fue descrito en la prensa vienesa de la época como

un estadista por cuya rara humanidad, unidad y alto nivel de rectitud ha logrado en nuestro país reconocimiento y respeto general.^[5]​

Durante la Revolución de 1848 en Austria que elevó al trono a Francisco José I y exilió al canciller Metternich, Niebauer no tuvo un comportamiento leal a este último, de acuerdo con los diarios de Melania tercera esposa de canciller.^[6]​

En 1856, de haber sido ennoblecido, fue elevado al rango de caballero (ritter).

Contrajo matrimonio con Marie Mozart, teniendo el matrimonio al menos tres hijos:

• Antón, que sería elevado al rango de barón. Fue un importante hacendista y político al servicio de Francisco José I, siendo elevado por este último al rango de barón en 1892. Contrajo matrimonio con la baronesa Cecilia von Heyder.
• María.
• Clementina.

Fue objeto de un retrato, junto a su mujer, por Leopold Bucher.^[7]​

• Ritter (  Imperio austríaco, 2 de diciembre de 1856)^[8]​

• Ennoblecido con derecho al título de Edler (  Imperio austríaco, 1841)

• Caballero de la Orden Imperial de la Corona de Hierro. (  Imperio austríaco, 22 de abril de 1854)^[9]​^[10]​
• Caballero de la Orden de Dannebrog. (  Reino de Dinamarca, 5 de febrero de 1834)^[11]​^[10]​^[4]​
• Caballero de la Orden de San José. (Gran ducado de Toscana)^[10]​^[4]​^[12]​
• Cruz de oro de la Orden del Salvador. (  Reino de Grecia, 1836)^[10]​^[4]​
• Caballero de la Sagrada Militar Orden Constantiniana de San Jorge. (Ducado de Parma, 1840)^[13]​^[10]​^[4]​
• Condecorado con la Orden de la Gloria (Nişân-ı iftihâr), en brillantes. (  Imperio otomano)^[10]​^[4]​

• Secretario aúlico,

• Jefe de la sección de Expedición de la Cancillería Imperial de Casa, Corte y Estado.

1. ↑ «Wiener Universitäts-Schematismus; für das Jahr 1869». Wiener Universitäts-Schematismus (en alemán) (Viena: Schmidbauer): 125. 1869. Consultado el 7 de diciembre de 2024. 
2. ↑ «Fremdem Anzeige». Salzburger Zeitung. 26 de junio de 1821. p. 504. 
3. ↑ Niebauer, Ernst (Enero, febrero y marzo de 1839). «Art. V». Jahrbücher der Literatur (en alemán) 85: 109-123. 
4. ↑ ^{a b c d e f} Schilling, August (1847). Ignaz Klang, ed. Vogelperspektiven eines Wanderlustigen (en alemán). Viena. p. [7]. 
5. ↑ «Revue des Büchermarkes. - In demselden verlagen...». Der Österreichische Zuschauer (en alemán) (8). 13 de enero de 1847. p. 63. 
6. ↑ Zichy-Ferraris, Melanie (1881). «Livre X. Éxile volontaire et retour. Journal de la princesse Mélanie (1851). 1705». Mémoires, documents et écrits divers laissés par le Prince de Metternich (en francés) 8. París: Plon. p. 115. 
7. ↑ «Porträte aus der Biedemeierzeit». Grazer Volksblatt (en alemán) (82). 2 de abril de 1930. p. 4. 
8. ↑ «Amtlicher Theil. Se. k. k. Apostolische Majestät haben mit Allerhöchst unterzeichnetem Diplome den SektionSrath im k. k. Ministerium des Aeußern, Ernst v. Niebauer». Wiener Zeitung (en alemán) (278). 2 de diciembre de 1856. p. 3559. 
9. ↑ «Amtlicher Theil. Se. k.k. Apostolische Majestät haben mit Allerhöchsten...». Wiener Zeitung (98). 24 de abril de 1854. p. 1116. 
10. ↑ ^{a b c d e f} «Hof- und Staats-Handbuch des Kaiserthumes Österreich: 1856». Hof- und Staats-Handbuch des Kaiserthumes Österreich (en alemán): 121. 1856. 
11. ↑ «Kongelig Dansk Hof-og Stats-Calender: for uaret 1839». Kongelig Dansk Hof-og Stats-Calender (en danés): 52. 1839. 
12. ↑ «Almanacco Toscano per l'anno 1855». Almanacco Toscano (en italiano) (Florencia: Stamperia Granducale): 286. 1855. Consultado el 20 de mayo de 2019. 
13. ↑ «Almanacco della ducal corte di Parma per l'anno MDCCCXLIII». Almanacco della ducal corte di Parma (en italiano) (Parma: Tipografia Ducale): 229-230. 1843. 

• Justus Perthes, ed. (1895). «Niebauer». Gothaisches genealogisches Taschenbuch der freiherrlichen Häuser (en alemán) 45. Gotha. pp. 674-675.