Las EPS actúan en los dos regímenes de afiliación en el Sistema General de Seguridad Social en Salud : el régimen contributivo y el régimen subsidiado. Algunas EPS tienen autorización para actuar en los dos regímenes citados.^{[cita requerida]}

• El régimen contributivo en el país fue creado por medio de la Ley 100 de 1993 del Congreso de Colombia, como: un conjunto de normas que rigen la vinculación de los individuos y las familias al sistema general de seguridad social en salud, cuando tal vinculación se hace a través del pago de una cotización, individual y familiar, o un aporte económico previo financiado directamente por el afiliado o en concurrencia entre éste y su empleador.^[2]​ En el sistema de salud colombiano (ver sistema de salud en Colombia), las personas con capacidad de pago deben estar afiliadas a una EPS y pagar periódicamente por el servicio de salud que estas presten. Las personas son atendidas por personal médico en instituciones prestadores de salud (IPS), que son los centros asistenciales, y estos hacen los cobros de sus servicios brindados a las EPS.

• El régimen subsidiado es aquel en que se encuentran las personas sin capacidad de cotizar al Sistema por lo cual el Estado les proporciona los medios para su afiliación mediante los subsidios a la demanda.

En Colombia, el aseguramiento de la atención en salud está casi por completo en manos de EPS privadas, que por lo general concentran una economía mixta, es decir, su capital financiero está compuesto por una riqueza privada y pública (del Estado) con el objeto de proveer servicios médicos más accesibles a la población. La principal entidad pública de Seguridad Social en Salud en Colombia antes de la reforma era el Instituto de Seguro Social (ISS), que fue liquidada y transformada en una entidad de derecho privado en 2008.^[3]​

Existen también EPS mixtas y la principal EPS pública existente era Caprecom EPS Archivado el 31 de enero de 2011 en Wayback Machine. hasta el 2016 que se liquidó, siendo originalmente la Caja de Previsión Social del sector de las Comunicaciones.

Para cumplir con sus responsabilidades las EPS deben conformar una red de servicios para lo cual cualquier entidad promotora de salud puede contratar a clínicas y hospitales (IPS) de forma independiente y autónoma o pueden garantizar el acceso a los servicios con su propia red en lo que se denomina integración vertical, en una magnitud permitida por la Ley. Además deben contratar un porcentaje determinado mínimo con instituciones prestadoras de servicios públicos.

Las EPS están supervisadas por la Superintendencia de Salud colombiana y reguladas por las legislaciones gubernamentales y el Ministerio de Protección Social.

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