Nació en Sermoneta. Era el segundo hijo de Bonifacio Caetani y de su espoesa Caterina di Alberto Pio. Fue sobrino del cardenal Niccolò Caetani,^[2]​ y hermano de Camillo Caetani.^[3]​

El papa Sixto V lo elevó al cardenalato el 18 de diciembre de 1585. En el mismo año fue nombrado como Patriarca Latino de Alejandría, una posición que ocupó hasta 1587. Entre 1585 y 1587 fue legado en Bolonia, y Galileo Galilei le recomendó que asistiera la universidad de esa ciudad en 1588.^[4]​

En 1589 dirigió la misión diplomática papal a Francia, para defender la posición de la iglesia católica durante las guerras francesas de la religión, fue acompañado por Lorenzo Bianchetti,^[5]​ Roberto Belarmino,^[6]​ y otros en una delegación fuerte. Caetani apoyó la liga católica francesa y el interés español en contra de Enrique de Navarra.^[7]​ En marzo de 1590, presidió una ceremonia en la que las milicias y funcionarios de la ciudad tomaran un juramento para defender París contra Enrique.^[8]​ Bendijo, en mayo, las fuerzas monásticas planteadas por Guillaume Rose para la defensa.^[9]​

Después de la muerte de William Allen en 1594, no había ningún candidato aceptable en general como sucesor para dirigir la misión Inglés. Caetani asumió el papel de cardenal protector y se designó a George Blackwell como el nuevo arcipreste de Inglaterra.^[10]​

Caetani falleció en Roma el 13 de diciembre de 1599.^[11]​

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