Esta será la primera edición de la Copa Africana de Naciones Sub-17 que se expandirá a 12 equipos en lugar de ocho. Cada una de las seis zonas recibió dos lugares en el torneo final.^[1]​

Notas

• Los equipos en negrita se clasificaron para el torneo final.
• (H): Anfitriones del torneo de clasificación.
• (Q): Calificado automáticamente para el torneo final independientemente de los resultados de la clasificación.
• (D): Descalificado.

El torneo de la UAFU Zona A 2021 que sirve como clasificatorio para la Copa Africana de Naciones Sub-17 de 2021 estaba inicialmente planeado para ser organizado del 11 al 20 de diciembre de 2020 en Sierra Leona, pero fue pospuesto.^[5]​ Finalmente tuvo lugar en Senegal, del 5 al 13 de febrero de 2021.^[6]​

Gambia fue descalificado de las eliminatorias después de que algunos jugadores no pasaran la prueba de resonancia magnética. Se consideró que se habían retirado de la competición, y todos los partidos anteriores jugados por ellos se considerarán "nulos y sin efecto" y no se considerarán para determinar la clasificación final del grupo.

Sierra Leona fue descalificado de las eliminatorias después de que dos de sus jugadores no pasaron la prueba de resonancia magnética. Se consideró que se habían retirado de la competición, y todos los partidos anteriores jugados por ellos se considerarán "nulos y sin efecto" y no se considerarán para determinar la clasificación final del grupo.

Los partidos de clasificación UAFU Zona B para la Copa de Naciones de África Sub-17 estaban inicialmente planeados para ser organizados por Benín del 15 al 30 de junio de 2020, pero luego se cambiaron y se celebraron en Togo entre el 5 y el 18 de enero de 2021. Los partidos se jugaron en Lomé (Estadio de Kégué y Estadio Municipal).

Todas las horas son locales, GMT (UTC±0).

Togo fue descalificado de las eliminatorias después de que dos de sus jugadores no pasaron la prueba de resonancia magnética. Se consideró que se habían retirado de la competición, y todos los partidos anteriores jugados por ellos se considerarán "nulos y sin efecto" y no se considerarán para determinar la clasificación final del grupo.

El Torneo UNIFFAC U17 de 2021, que habría servido como torneo clasificatorio para la Copa Africana de Naciones Sub-17 de 2021, se planeó inicialmente que se celebrara en Camerún en 2020, y luego en Malabo, Guinea Ecuatorial en febrero de 2021.

En febrero de 2021, este torneo fue finalmente cancelado por CAF debido a la ausencia de un país anfitrión y la ausencia de una máquina de resonancia magnética en la mayoría de los países de esta zona.

Para la Copa Africana de Naciones Sub-17 de 2021, la CAF decidió clasificar a Camerún y Congo, los dos finalistas de la última edición de las eliminatorias zonales de UNIFFAC en 2018.^[8]​

Las eliminatorias de la CECAFA para la Copa Africana de Naciones Sub-17 se planearon inicialmente para ser celebradas a principios de julio de 2020, pero luego se trasladaron al 13-22 de diciembre de 2020. Nueve equipos se dividieron en tres grupos de tres equipos durante el sorteo realizado en octubre.^[9]​ Sin embargo, dos equipos, Eritrea y Sudán, se retiraron antes del comienzo del torneo y los siete equipos restantes fueron luego reorganizados en nuevos grupos.^[10]​ Los partidos se jugaron en Gisenyi (Estadio Umuganda).^[11]​

Todas las horas son locales, CAT (UTC+2).

Sudán del Sur fue descalificado de las eliminatorias después de que cuatro de sus jugadores no pasaran la prueba de resonancia magnética.

El Campeonato Sub-17 de la COSAFA se planeó inicialmente para ser organizado por Malaui entre el 22 de julio y el 1 de agosto de 2020 y los partidos planeados para jugarse en Blantyre, como el torneo de clasificación de la región.^[12]​ Malaui, sin embargo, no pudo albergar el torneo debido a la pandemia de COVID-19.^[13]​ Los derechos de sede se otorgaron posteriormente a Sudáfrica y los partidos se jugaron en Nelson Mandela Bay (Estadio Gelvandale y Estadio Oval de Westbourne).^[14]​

Ocho equipos se dividieron en dos grupos durante el sorteo. Sudáfrica, Angola, Zimbabue y Suazilandia se incluyeron en el Grupo A y Zambia, Botsuana, Malaui y Comoras se incluyeron en el Grupo B.^[15]​ Sin embargo, el 20 de noviembre, después de que ya se jugó el primer combo de partidos el 19 de noviembre, 4 equipos, a saber: Botsuana, Comoras, Suazilandia y Zimbabue fueron descalificados del torneo por tener al menos uno de sus jugadores que no pasó la prueba de resonancia magnética.^[16]​ El torneo se reinició más tarde el 22 de noviembre de 2020 como un torneo de cuatro equipos y se jugó en forma de todos contra todos. Los partidos que se habían jugado se consideraron posteriormente como partidos de preparación sin relación con el nuevo formato del torneo.

Todas las horas son locales, SAST (UTC+2).

¹ Negrita indica campeones de ese año. La cursiva indica los hosts de ese año.

• Copa Confederación África del Norte (Sub 17)
• Sitio Oficial CECAFA
• COSAFA Masculino Sub-17