En las elecciones de Jefe de Estado de Costa Rica de 1829 Juan Mora Fernández es reelecto en su cargo por la mayoría de Electores. Las elecciones en este período se realizaban en dos grados, primeramente votaban todos los costarricenses que podían hacerlo según la Constitución (hombres capaces de leer y escribir, entre otras cosas) quienes en voto público escogían a los electores según la representación proporcional de la población por localidad; 11 por San José, 9 de Alajuela, 8 de Cartago, 8 de Heredia, 3 por Escazú, 3 de Ujarrás y 3 de la recién anexada Nicoya. Mora recibió el voto unánime de todas las provincias salvo 2 votos electorales en San José, 1 en Alajuela y 2 en Heredia.^[1]​

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Elecciones de Jefe de Estado de Costa Rica de 1829 Jefe y Vicejefe de Estado de Costa Rica
Fecha						1 de febrero de 1829
Tipo						Voto indirecto
Demografía electoral
Población					61 846
Votantes						38 Electores de segundo grado
Resultados
			Juan Mora Fernández – Liberal
									86 %
Votos obtenidos
Jefe de Estado de Costa Rica
Titular Juan Mora Fernández Independiente (Liberal)						Electo Juan Mora Fernández Independiente (Liberal)