Las elecciones estatales de Hidalgo de 1999 se llevaron a cabo en dos jornadas electorales, la primera tuvo lugar el domingo 21 de febrero de 1999, y en ellas se renovaron los siguientes cargos de elección popular en el estado mexicano de Hidalgo:

• Gobernador de Hidalgo. Titular del Poder Ejecutivo del estado, electo para un periodo de seis años no reelegibles en ningún caso, el candidato electo fue Manuel Ángel Núñez Soto.
• 18 Diputados al Congreso del Estado. Electos por mayoría relativa en cada uno de los Distrito Electorales.

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Elecciones estatales de Hidalgo de 1999 Gobernador 84 ayuntamientos 30 diputados
Fecha						21 de febrero de 1999
Tipo						Ordinaria
Período						6 años (Gobernador) 3 años (diputados y ayuntamientos)
Demografía electoral
Población					1 888 366
Hab. registrados						878 424
Votantes						639 784
Participación
							69.3 %  29.8 %
Votos válidos						609 282
Votos nulos						30 502
Resultados
			Manuel Ángel Núñez Soto – PRI
			Votos			325 781  17 %
			Diputados obtenidos						18  1
			Alcaldías						65
									50.92 %
			Francisco Xavier Berganza – PAN
			Alianza por el Cambio Partido Acción Nacional Partido Verde Ecologista de México
			Votos			195 094  820.3 %
			Diputados obtenidos						7  5
			Alcaldías						9
									30.49 %
			Miguel Ángel Granados Chapa – PRD
			Alianza por Hidalgo Partido de la Revolución Democrática Partido del Trabajo Partido Auténtico de la Revolución Mexicana
			Votos			88 447  311.1 %
			Diputados obtenidos						3  1
			Alcaldías						10
									13.82 %
Gobernador de Hidalgo
Titular Humberto Lugo Gil						Electo Manuel Ángel Núñez Soto

Y la segunda jornada electoral 1999-2000 tuvo lugar el 14 de noviembre de 1999 y en ella fueron elegidos, en qué se eligió:

• 84 ayuntamientos. Compuestos por un Presidente Municipal y regidores, electos para un periodo de tres años no reelegibles para el periodo inmediato.