Las Elecciones estatales de Jalisco se llevaron a cabo el domingo 2 de julio de 2006, simultáneamente con las elecciones federales y en ellas fueron renovados los titulares de los siguientes cargos de elección popular del estado mexicano de Jalisco:

• Gobernador de Jalisco. Titular del Poder Ejecutivo del estado, electo para un periodo de seis años no reelegibles en ningún caso, el candidato electo fue Emilio González Márquez.
• 124 ayuntamientos. Formados por un Presidente Municipal y regidores, electos para un periodo de tres años, no reelegibles de manera consecutiva.
• 40 diputados del Congreso del Estado. 20 elegidos por mayoría relativa en cada uno de los distritos electorales y 20 electos por el principio de representación proporcional mediante un sistema de listas.

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Elecciones estatales de Jalisco de 2006 Gobernador de Jalisco 124 ayuntamientos 40 diputados
Fecha						2 de julio de 2006
Período						6 años (Gobernador) 3 años (Diputados y ayuntamientos)
Demografía electoral
Población					6 752 113
Hab. registrados						4 708 754
Votantes						2 869 322
Participación
							60.94 %  6.3 %
Votos válidos						2 811 607
Votos nulos						57 715
Resultados
			Emilio González Márquez – PAN
			Votos			1 296 745  31.8 %
			Diputados obtenidos						20
			Alcaldías						63
									45.19 %
			Arturo Zamora Jiménez – PRI
			Votos			1 187 822  26.8 %
			Diputados obtenidos						13
			Alcaldías						46
									41.40 %
			Otros Candidatos
			Votos			327 040
			Diputados obtenidos						7
			Alcaldías						15
									11.40 %
Gobernador de Jalisco
Titular Gerardo Octavio Solís Gómez						Electo Emilio González Márquez

Por primera vez las elecciones de Jalisco coincidieron con las elecciones federales que tuvieron lugar el mismo día.