Villegas comenzó su carrera en Petrolero de su ciudad natal. En 1986, se unió a The Strongest, permaneciendo en el club durante dos temporadas. En 1988, Villegas se unió a Blooming, antes de volver a firmar con The Strongest a tiempo para la Primera División de Bolivia de 1989, donde ganó el título con The Strongest. En 1991, Villegas fichó por Wilstermann. En 1994, luego de una tercera etapa con The Strongest y San José, Villegas fichó por Bolívar, ganando la Primera División. En 1995, Villegas se reincorporó a San José, ganando otra Primera División. En 1997, Villegas se unió a The Strongest por un cuarto período, antes de fichar por Independiente Petrolero en 1998, donde se retiró.

Como técnico, Villegas se inició a los 38 años en Independiente Petrolero. Su debut con el matador fue contra The Strongest, por la decimoquinta jornada del Torneo Clausura 2002, el 27 de septiembre, con empate de sus dirigidos 2-2.^[2]​ Posteriormente lograría una victoria frente a San José por 3-1^[3]​ y una derrota 1-2 frente a Jorge Wilstermann.^[4]​

A finales de aquel año fue anunciado como asistente técnico de Luis Orozco en The Strongest.^[5]​

Participó con la Selección sub-23 en el Preolímpico de 1988 disputado en Bolivia.^[6]​

Villegas jugó 16 partidos con la selección boliviana en el período 1985-1989.

Títulos nacionales

Títulos nacionales

• Ficha de Eduardo Villegas en CeroaCero