Entre 1966 y 1983 participa en el grupo Atrium Musicæ de Madrid tocando instrumentos de viento y percusión. Posteriormente es miembro fundador de los grupos Cálamus y Hoquetus,^[5]​ especializados en la música arábigo-andaluza.^[3]​

En 1994 crea los grupos Música Antigua para la interpretación y grabación de las Cantigas de Santa María de Alfonso X el Sabio y el Ibn Báya Ensemble, este último junto con el laudista Omar Metioui, para la interpretación y grabación de música andalusí.^[3]​ "Ibn Báya" es una de las transliteraciones posibles del nombre árabe del erudito andalusí conocido en el mundo hispanohablante como Avempace.

En paralelo funda y dirige el sello discográfico Pneuma con el que ha editado alguna de sus grabaciones musicales.^[3]​

Con Atrium Musicæ de Madrid: (dir. Gregorio Paniagua):

• La Folía (Harmonia Mundi)
• La Spagna (BIS)
• Musique de la Grèce Antique (Harmonia Mundi)
• Antología de Música Antigua Española

Con Música Antigua:

• PN 010 Cantigas de Toledo (Sony Hispánica 62264)
• PN 020 Cantigas de Castilla y León (Sony Hispánica 62265)
• PN 210 Cantigas de Castilla-La Mancha
• PN 220 Cantigas – Santa Maria del Puerto vol. I
• PN 240 Cantigas – Remedios Curativos (Sony "Hispánica" 62263)
• PN 280 Cantigas de Madrid : Virgen de Atocha
• PN 340 Cantigas de Animales – Bestiario
• PN 400 Cantigas de Flauta y Tamboril
• PN 420 Cantigas de Extremadura
• PN 490 Cantigas – Caballeros (Sony "Hispánica" 63018)
• PN 510 Cantigas de Italia (Sony "Hispánica" 60843)
• PN 520 Cantigas de Francia (Sony "Hispánica" 60842)
• PN 540 Morada del Corazón: Sefarad en al-Andalus, siglos XI–XII (2003)
• PN 570 Cantigas de Jerez (Sony "Hispánica" 60080)
• PN 590 Cantigas de Sevilla (2 CDs) (Sony "Hispánica" 62859)
• PN 610 Cantigas – La Vida de Maria (2CD)
• PN 680 Cantigas – El Camino de Santiago en las Cantigas de Alfonso X el Sabio
  • PN 700 Rosa de las rosas (recopilación)
  • PN 720 Llena de gracia (recopilación)
  • PN 730 Santa María, estrela del día (recopilación)
• PN 740 Cantigas de Viola de Rueda
  • Obras Maestras de las Cantigas (recopilación)
• PN 820 Cantigas celtas - Merlin
• PN 860 Cantigas de Valencia
• PN 880 Cantigas de Bizancio (2CD)
• PN 980 Cantigas de Catalunya, 2008
• PN 990 Cantigas de Inglaterra, 2008
• PN1080 Cantigas de Burgos, 2009
• PN1090 Cantigas de Alemania, 2009
• PN1150 Cantigas de Flandes, 2010
• PN1170 Cantigas Del Mar Cantábrico 2010
• PN1230 Cantigas de Mujeres 2011
• PN1280 Cantigas de Nuestro Señor 2011
• PN1380 Cantigas Centenales 2013
• PN1490 Cantigas de Roma 2014^[6]​
• PN1510 Cantigas de Alejandría 2015
• PN1530 Cantigas de Ultramar 2CD 2016
• PN1540 Cantigas de Jerusalen 2017
• PN1560 Cantigas de Murcia 2017
• PN2-1610 Cantigas del Sur de Francia: Occitania y Rocamadour
• PN2-1590 Cantigas del Norte de Francia: Soissons y Arras.
• PN 1620 Cantigas de Provenza y Auvernia^[7]​^[8]​

Con Ensemble Ibn Baya:

• Jardín de Al-Andalus
• Walladah (Córdoba 994-1077) and Ibn Zaygun (Córdoba 1003-1071)
• La Llamada de Al-Andalus
• Núba Al-Maya
• Ibn Arabi
• El Agua de la Alhambra
• La Felicidad Cumplida
• Nuba Al-Istihlal
• Poemas de la Alhambra
• Alarifes Mudéjares

Con Cálamus:

• The Splendour of Al-Andalus
• Medieval Women's songs

Varios conjuntos:

• Danzas medievales españolas
• Tres culturas: judios, moros y cristianos en la España medieval
• Luz de la Mediterranía
• Sepharad
• Música Européa del siglo XV para el Organo de papel de Leonardo da Vinci
• Ecos del Espíritu. Melodías Gregorianas
• El Cantar de la Conquista de Almería

•  
  Príncipe supervisando un jardín. Pintura mogol del s. XVI empleada en la portada de El agua de la Alhambra.

• Esta obra contiene una traducción parcial derivada de «Eduardo Paniagua» de Wikipedia en inglés, concretamente de esta versión del 20 Ago 2023, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.
• Página oficial de Pneuma
• Entrevista