Entre 1966 y 1983 participa en el grupo Atrium Musicæ de Madrid tocando instrumentos de viento y percusión. Posteriormente es miembro fundador de los grupos Cálamus (junto con Begoña Olavide, Carlos Paniagua, Rosa Olavide y Luis Delgado) y Hoquetus,^[7]​ especializados en la música arábigo-andaluza.^[3]​

En 1994 crea los grupos Música Antigua para la interpretación y grabación de las Cantigas de Santa María de Alfonso X el Sabio y el Ibn Báya Ensemble, este último junto con el laudista Omar Metioui, para la interpretación y grabación de música andalusí.^[3]​ "Ibn Báya" es una de las transliteraciones posibles del nombre árabe del erudito andalusí conocido en el mundo hispanohablante como Avempace.

En paralelo funda y dirige el sello discográfico Pneuma con el que ha editado alguna de sus grabaciones musicales.^[3]​

Con Atrium Musicæ de Madrid: (dir. Gregorio Paniagua):

• La Folía (Harmonia Mundi)
• La Spagna (BIS)
• Musique de la Grèce Antique (Harmonia Mundi)
• Antología de Música Antigua Española

Con Música Antigua:

• PN 010 Cantigas de Toledo (Sony Hispánica 62264)
• PN 020 Cantigas de Castilla y León (Sony Hispánica 62265)
• PN 060 Ecos del espíritu - Melodías Gregorianas Eduardo Paniagua
• PN 090 Luz de la Mediterranía. De la Occitania a L’Andalucía Medieval
• PN 100 Tres Culturas. Judíos, Cristianos y Musulmanes en la España Medieval
• PN 120 Jardín de Al-Andalus

• PN 170 Alarifes Mudéjares

• PN 210 Cantigas de Castilla-La Mancha
• PN 220 Cantigas – Santa Maria del Puerto vol. I
• PN 230 Poemas de la Alhambra

• PN 240 Cantigas – Remedios Curativos (Sony "Hispánica" 62263)
• PN 250 Núba Al-Istihlál- Música Andalusí
• PN 270 Canciones de Sefarad “Empezar Quiero Contar” Songs Of Sepharad - “I’d Like To Begin The Story"

• PN 280 Cantigas de Madrid : Virgen de Atocha
• PN 290 La felicidad cumplida, Alcázar de Sevilla
• PN 320 El agua de la Alhambra
• PN 340 Bestiario-Cantigas de animales
• PN 360 Ibn' Arabí, El intérprete de los deseos, Taryumán Al-Ashwáq
• PN 370 La llamada de Al-Andalus
• PN 400 Cantigas de Flauta y Tamboril
• PN 420 Cantigas de Extremadura
• PN 450 El Cantar de la Conquista de Almería. Poema Épico Románico y Trovadores de Alfonso VII de Leónel Emperador. 1147
• PN 470 El Crisol del Tiempo • The crucible of time
• PN 490 Cantigas – Caballeros (Sony "Hispánica" 63018)
• PN 500 Wallada e Ibn Zaydún
• PN 510 Cantigas de Italia (Sony "Hispánica" 60843)
• PN 520 Cantigas de Francia (Sony "Hispánica" 60842)
• PN 540 Morada del Corazón: Sefarad en al-Andalus, siglos XI–XII (2003)
• PN 550 Aire De Al-Andalus
• PN 570 Cantigas de Jerez (Sony "Hispánica" 60080)
• PN 580 Maimónides
• PN 590 Cantigas de Sevilla (2 CDs) (Sony "Hispánica" 62859)
• PN 600 Lo mejor de las Cantigas
• PN 610 Cantigas – La Vida de Maria (2CD)
• PN 660 La conquista de Granada. Isabel La Católica, Siglos XV y XVI
• PN 680 Cantigas – El Camino de Santiago en las Cantigas de Alfonso X el Sabio
• PN 690 Latidos de Al-Andalus

• PN 700 Rosa de las rosas (recopilación)
• PN 710 Juana I de Castilla.
• PN 720 Llena de gracia (recopilación)
• PN 730 Santa María, estrela del día (recopilación)

• PN 740 Cantigas de Viola de Rueda
  • Obras Maestras de las Cantigas (recopilación)

• PN 770 Rumi-Ibn Arabí. Oriente & Occidente, Siglo XIII
• PN 780 Sefarad en diáspora
• PN 800 Puentes sobre el Mediterráneo
• PN 810 Klezmer sefardí

• PN 820 Cantigas celtas - Merlin
• PN 840 La Reconquista
• PN 860 Cantigas de Valencia
• PN 880 Cantigas de Bizancio (2CD)
• PN 900 España Del Cid
• PN 930 Mío Cid
• PN 950 Batalla de Alarcos 1195
• PN 960 Rabindranath Tagore
• PN 970 Cantos Místicos Devocionales de al-Ándalus
• PN 980 Cantigas de Catalunya, 2008
• PN 990 Cantigas de Inglaterra, 2008
• PN 1000 Música Antigua
• PN 1050 Agua de al-Ándalus
• PN 1010 Trovadores en Castilla
• PN 1030 Ibn Gabirol
• PN 1040 Cautivo de Amor
• PN 1050 Agua de al-Ándalus
• PN 1070 La flauta de hueso de Alarcos
• PN 1080 Cantigas de Burgos, 2009
• PN 1090 Cantigas de Alemania, 2009
• PN 1100 El agua y los Árabes
• PN 1110 Tesoros de Al-Andalus
• PN 1120 Pasión Sufí
• PN 1140 Zambra de moriscos
• PN 1150 Cantigas de Flandes, 2010
• PN 1160 La rosa de la Alhambra
• PN 1170 Cantigas Del Mar Cantábrico 2010
• PN 1200 Cantos de mujeres en las tres culturas
• PN 1230 Cantigas de Mujeres 2011

• PN 1270 El Canto Visigótico-Mozárabe

• PN 1280 Cantigas de Nuestro Señor 2011
• PN 1300 Peregrinos
• PN 1320 “L´amore mi fa sollazar”
• PN 1340 La viola organista de Leonardo da Vinci (1452-1519)

• PN 1350 Medicina del Alma
• PN 1360 Navas de Tolosa 1212

• PN 1370 Piratas y corsarios

• PN 1380 Cantigas Centenales 2013
• PN 1390 Viaje Interior

• PN 1400 Músicas del Alcázar

• PN 1410 Serranillas del marqués de Santillana (1388 -1458)

• PN 1450 Rosa de Sefarad.
• PN 1470 Calahorra

• PN 1490 Cantigas de Roma 2014^[8]​
• PN 1500 Ziryab, vino y rosas

• PN 1510 Cantigas de Alejandría 2015
• PN 1520 Ibn Arabí, La morada de la luz

• PN 1530 Cantigas de Ultramar (Doble Cd) 2016
• PN 1540 Cantigas de Jerusalen 2017
• PN 1550 Taifa de Toledo

• PN 1560 Cantigas de Murcia 2017
• PN 1570 Isidro Mozárabe

• PN 1580 Cantigas de Andalucía (Triple Cd)

• PN 1590 Cantigas del Norte de Francia (Doble Cd)

• PN-1610 Cantigas del Sur de Francia: Occitania y Rocamadour
• PN-1590 Cantigas del Norte de Francia: Soissons y Arras.
• PN 1600 Alquimia De La Felicidad
• PN 1620 Cantigas de Provenza y Auvernia^[9]​^[10]​
• PN 1630 Cantigas del Códice de Toledo
• PN 1640 Ave Maris Stella.

• PN 1650 Cantigas de Huesca. Santa María de Salas, Reino de Aragón.^[11]​
• PN 1660 El collar de la Paloma. Ibn Hazm, Córdoba 994-1064-Al Mutamid, Sevilla 1040-1095
• PN 1670 Mezquita Catedral, Alma de Córdoba
• PN 1690 Cantigas de Loor
• PN 1430 Regresan los días pasados. Zejel Marinero. Música Andalusí de Constantina, Argelia
• PN 1440 Amantes del Fuego de la Pasión. Qasida Yá ´Ashíqín. Ibn Tuati 1492. Música Andalusí de Constantina, Argelia
• PN 1460 Trovadores Andalusíes. Zejel Bouri. Asoma El Alva
• PN 1700 Himnos y Cantos al martirio de Justo y Pastor S. IV-XVII
• PN 1710 Romances Históricos Gitanos-Gypsy Historical Ballads.

Con Ibn Báya Ensemble:

• Jardín de Al-Andalus
• Walladah (Córdoba 994-1077) and Ibn Zaygun (Córdoba 1003-1071)
• La Llamada de Al-Andalus
• PN 630 Núba Al-Maya
• Ibn Arabi
• El Agua de la Alhambra
• La Felicidad Cumplida
• PN 250 Nuba Al-Istihlal
• Poemas de la Alhambra
• Alarifes Mudéjares
• PN 640 Cantos de la noche- Nuba Rasd D-Dail
• PN 650 Cantos Sufíes de Al-Andalus

Con Cálamus:

• The Splendour of Al-Andalus
• Medieval Women's songs

Varios conjuntos:

• Danzas medievales españolas
• Tres culturas: judios, moros y cristianos en la España medieval
• Luz de la Mediterranía
• Sepharad
• Música Européa del siglo XV para el Organo de papel de Leonardo da Vinci
• Ecos del Espíritu. Melodías Gregorianas
• El Cantar de la Conquista de Almería

• Música Europea del siglo XV para el Órgano de papel de Leonardo da Vinci. (en colaboración). Editores Villamonte.

• Los Cuatro Elementos y la Sociedad Red. Con Carlos García Gual, Jose Antonio Marina, Valeriano Bozal, Luis Alberto de Cuenca y Manuel Castells. BBVA, Editorial TF 2000.
• Músicas del Mundo. Instrumentos musicales, Comunidad de Madrid, 2003.
• Rumi e Ibn Arabí. La ciencia del Amor. Libro-CD Editorial Almuzara/Pneuma, 2006.
• Rabindranath Tagore. Cuánto tiempo dura mi viaje. La ciencia del Amor. Libro-CD Editorial Almuzara/Pneuma, 2006.
• Ibn Gabirol (Avicebrón). Caballero de la palabra. La ciencia del Amor. Libro-CD Editorial Almuzara/Pneuma, 2009.

•  
  Príncipe supervisando un jardín. Pintura mogol del s. XVI empleada en la portada de El agua de la Alhambra.

• Página oficial de Pneuma

• Eduardo Paniagua en Discogs
• Entrevista
• Entrevista a Eduardo Paniagua
• Las jarchas mozárabes y los orígenes de la poesía lírica occidental
• Esta obra contiene una traducción parcial derivada de «Eduardo Paniagua» de Wikipedia en inglés, concretamente de esta versión del 20 Ago 2023, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.