Tras estudiar en la Escuela Normal Superior, Perrier comienza a trabajar como ayudante naturalista en el Museo Nacional de Historia Natural. Después de doctorarse con una tesis sobre equinodermos, trabaja durante varios años como profesor en la Escuela Normal Superior y más tarde en el Museo, del que es nombrado director en 1900 y hasta 1919.

La teoría colonial de Perrier está basada en dos grandes leyes: la ley de la organización y la ley de la independencia de los elementos anatómicos.

Al igual que Haeckel, Perrier distingue distintos individuos orgánicos: plástido, mérido, zoido y deme.

• Eugénique et biologie. 20 pp.
• 1898. L'origine des vertébrés. Ed. Gauthier-Villars & fils. 8 pp.

• 1881. Les Colonies animales et la Formation des organismes. Paris, G.Masson
• 1882. Anatomie et physiologie animales Paris
• 1882. Les Principaux types des êtres vivants des cinq parties du monde Paris
• charles Darwin, edmond Perrier. 1882. Role des vers de terre dans la formation de la terre végétale. Ed. C. Reinwald. 264 pp.
• 1884. La Philosophie zoologique avant Darwin. Paris, Germer Baillière. 292 pp. (biografía de Lamarck. Reeditó BiblioBazaar, 304 pp. ISBN 1110993129 [1]
• 1885. Trait de Zoologie, vol. 3. Reimpresa en 2010 por Nabu Press. 240 pp. ISBN 114904489
• 1886. Les Explorations sous-marines Paris
• 1887. Notions de zoologie, enseignement secondaire spécial
• 1887. L’intelligence des animaux Paris, 2 vols.
• 1888. Le Transformisme Paris
• 1888. Éléments d’anatomie et de physiologie animales Paris
• 1895. Elements de Zoologie. 387 pp.
• 1902. Tachygénèse ou accélération embryogénique con Charles Gravier, ed. G.Masson
• 1910. La Femme dans la nature, dans les moeurs dans la légende, dans la société Paris, Maison d’Edition Bong & Cie
• 1911. La vie dans les planètes Ed. de la revue
• 1912. Les robes de noces des animaux Ed. Plon
• 1920. La Terre avant l’Histoire. Les Origines de la Vie et de l’Homme. París, „La Renaissance du livre“
• 1921. A travers le monde vivant
• 1928. Développement embryogénique des Vertébrés allantoidiens: Les Reptiles. Ed. Masson. 3.118 pp.
• 1931. Les oiseaux. 3.341 pp.

• La abreviatura «E.Perrier» se emplea para indicar a Edmond Perrier como autoridad en la descripción y clasificación científica de los vegetales.^[1]​

• 1881. Les colonies animales et la formation des organismes, París: Librairie de l'Académie de médecine

• «Edmond Perrier». Índice Internacional de Nombres de las Plantas (IPNI). Real Jardín Botánico de Kew, Herbario de la Universidad de Harvard y Herbario nacional Australiano (eds.). 

•   Wikispecies tiene un artículo sobre Edmond Perrier.
• Biografía de Edmond Perrier (en francés)

1. ↑ Todos los géneros y especies descritos por este autor en IPNI.