Después de pasarse su infancia y adolescencia dibujando, ejerció como contable antes de volver al dibujo en 1971. Colaboró entonces con revistas de cómic como Pilote, (À suivre) y L'Écho des savanes.

De 1999 a 2003, fue profesor de arte en la Universidad de Quebec en Outaouais.

La originalidad gráfica de Baudoin se sitúa en un punto intermedio entre la pintura y el cómic; de hecho, usa pinceles para trabajar sus zonas de negro. En general, sus álbumes recurren solo al negro y blanco.

• Al mejor álbum por Couma acò, Festival de Angulema 1992
• Al mejor guion por Le Voyage, Festival de Angulema 1997
• Al mejor guion por Les quatre fleuves, Festival de Angulema 2001

• Civilisation, Glénat, col. Science-Fiction, 1981.
• Les sentiers cimentés, Futuropolis, col. Maracas, 1981 (reeditado por L'Association en la colección Les Sentiers Cimentés, 2006, ISBN 2-84414-173-0).
• Passe le temps, Futuropolis, 1982 (reeditado por L'Association en la colección Les Sentiers Cimentés, 2006, ISBN 2-84414-173-0).
• La peau du lézard, Futuropolis, col. Hic et Nunc, 1983 (reeditado por L'Association en la colección Les Sentiers Cimentés, 2006, ISBN 2-84414-173-0).
• Un Flip Coca, Futuropolis, col. Hic et Nunc, 1984 (reeditado por L'Association en la colección Les Sentiers Cimentés, 2006, ISBN 2-84414-173-0).
• La Danse devant le Buffet, guion de Frank, Futuropolis, col. Hic et Nunc, 1985.
• Avis de Recherche, guion de Frank, Futuropolis, col. X, 1985.
• Un Rubis sur les Lèvres, Futuropolis, col. Hic et Nunc, 1986 (reeditado por L'Association en la colección Les Sentiers Cimentés, 2006, ISBN 2-84414-173-0).
• Le premier voyage, Futuropolis, col. Hic et Nunc, 1987.
• Théâtre d'Ombres, guion de Frank, Les Humanoïdes Associés, 1987.ISBN 2731604077
• La Croisée, guion de Frank, Les Humanoïdes Associés, 1988.ISBN 273160515
• Baudoin, Futuropolis, col. 30x40, 1990 (reeditado por L'Association sous le titre Le portrait).
• Couma acò, Futuropolis, col. 9, 1991 (reeditado por L'Association en 2005) ISBN 2737627079.
• Carla, guion de Jacques Lob, Futuropolis, col. 9, 1993.
• Abbé Pierre, le défi, Tom Pousse, 1994.
• La mort du peintre, Z'éditions, 1995 (reeditado por 6 pieds sous terre en 2005).
• Éloge de la poussière, L'Association, col. Eperluette, 1995.
• Made in U.S., L'Association, col. Patte de Mouche, 1995.
• Rachid, Seuil, 1995.
• Terrains vagues, L'Association, col. Eperluette, 1996.
• Mat, Seuil, 1996.
• Le voyage, L'Association, col. Ciboulette, 1996.
• Derrière les fagots, Z'éditions, 1996, en colaboración con Vincent Caille (reeditado por L'Association en la colección Les Sentiers Cimentés, 2006, ISBN 2-84414-173-0).
• Lalin, guion de Joan Luc Sauvaigo, Z'éditions, 1997.
• Nam, L'Association, col. Patte de Mouche, 1998.
• Véro, Éditions Autrement (reeditado por Mécanique générale en 2006), col. Histoires Graphiques, 1998.ISBN 2922827194
• Piero, Éditions du Seuil|Seuil, 1998.
• Le chemin aux oiseaux, guion de Nadine Brun-Cosme, Seuil, 1999.
• Salade niçoise, L'Association, col. Ciboulette, 1999.
• Chroniques de l'éphémère, 6 pieds sous terre, 1999.
• Les quatre fleuves, guion de Fred Vargas, Éditions Viviane Hamy, 2000.ISBN 2878581342
• Le chemin de Saint-Jean, L'Association, 2002.
• Questions de dessin, Éditions de l'An 2, 2002.
• Les yeux dans le mur, en colaboración con Céline Wagner, Dupuis, col. Aire Libre, 2003.ISBN 2800132957
• Araucaria, carnets du Chili, L'Association, col. Mimolette, 2004.
• Le chant des baleines, Dupuis, col. Aire Libre, 2005.ISBN 2800136766
• Crazyman, L'Association, 2005.ISBN 2844141765
• La musique du dessin, Éditions de l'An 2, 2005.
• L'Espignole, L'Association, 2006.
• Patchwork, Éditions Le 9 Monde, 2006.
• La patience du grand singe, en colaboración con Céline Wagner, Tartamudo, 2006.
• "Les essuie-glaces, Dupuis, col. Aire Libre, 2006.
• Le petit train de la côte bleue, 6 pieds sous terre, 2007.
• Roberto, 6 pieds sous terre, 2007.
• Travesti, L'Association, 2007.
• Patchwork, Éditions Le 9 Monde, 2008.
• L'Arleri, Gallimard, col. Bayou, 2008.
• Amatlan, l'Association, 2009.
• Peau d'Âne, basado en el cuento de Charles Perrault, Gallimard, col. Fétiche, 2010.ISBN 9782070628001
• Le Marchand d'éponges, basado en la novela de Fred Vargas, Librio n°980, 2010.ISBN 9782290027189
• Tu ne mourras pas, en colaboración con Bénédicte Heim, Les Contrebandiers Editeurs et Altercomics, 2011. ISBN 9782915438468
• Viva la vida : Los sueños de Ciudad Juárez, en colaboración con Troubs, L'Association, 2011. ISBN 9782844144317
• Les Rêveurs lunaires, Quatre génies qui ont changé l'Histoire (en francés, aún sin traducción al castellano), en colaboración con el matemático Cédric Villani. Gallimard/Grasset, 2015, ISBN 9782070665938.

• Les Larmes de la libellule de Jean-Charles Bernardini, éditions Mango Jeunesse, col. Le cercle magique, ?.
• Le Procès-verbal, ilustraciones de la novela de J-M.G. Le Clézio, Futuropolis, 1989.
• Harrouda, de Tahar Ben Jelloun, Futuropolis, 1991.
• Théorème, de Pier Paolo Pasolini, Futuropolis, 1992.
• Le Journal du voleur, de Jean Genet, Futuropolis, 1993.
• Les chants de maldoror, de Lautréamont, Z'éditions, 1995.ISBN 2877201333
• La Diagonale des jours, correspondencia con Tanguy Dohollau, éditions Apogée, 1995.
• Rachid, l'enfant de la télé, de Tahar Ben Jelloun, Le Seuil, col. création jeunesse, 1995.
• Picasso : L'Œil et le mot, éditions Mango Jeunesse, col. l'Œil et le mot, 2000.
• Taches de Jazz, Éditions Le 9 Monde, 2002.
• Jack London : (Par Charmian London), avec Espérance Racioppi, édition Pierre Terrail, 2006.
• La Petite Danube, de Jean-Pierre Cannet, édition Théâtrale, col. Théâtrale Jeunesse, 2007.
• Corpus Song, dessins pornographiques, Six pieds sous terre, 2009.
• La barque du pêcheur, de Francis Combes, éditions Al Manar, 2012.

• Chagrin d'Encre, 12 planchas en serigrafía, Éditions Le 9 Monde, 1998, 222 ejemplares.
• Chagrin d'Encre 2, 14 planchas en serigrafia, Éditions Le 9 Monde, 2004, 150 ejemplares.

• Algérie, la douleur et le mal, catálogo de exposición, Editions BD Boum, 1998, ISBN 2950845622 (reproducido de nuevo en la colección Patchwork, Éditions Le 9 Monde, 2006).
• Le Regard des Autres T1, Martin Balcer, basado en una idea original de Edmond Baudoin, Éditions Axar, 2009 ISBN 9782981072504.

• Franck Aveline, « Le Portrait », dans L'Indispensable n°0, février 1998, p. 74.
• Edmond Baudoin (int. Franck Aveline et Bruno Canard), « Entretien avec Edmond Baudoin », dans L'Indispensable n°3, janvier 1999, p. 42-52.
• Bernard Blanc, « Baudoin, Noir & Blanc », dans Jacky Goupil (dir.), Bande dessinée 1981-1982, Hounoux : SEDLI, 1982, p. 53.
• Thierry Groensteen, En chemin avec Baudoin, PLG, 2008.
• Philippe Sohe, Entretiens avec Edmond Baudoin, Mosquito, 2001.

• (en francés) Site officiel d'Edmond Baudoin
• (en francés) Une mini analyse de son travail
• (en francés) Une interview d'Edmond Baudoin de 1999
• (en francés) Bibliographie illustrée