Casó en primeras nupcias con Caterina [...], que falleció en 1370, sin sucesión. Casó en segundas nupcias con Francina Llançol, también natural de Valencia, con quien cinco hijos:

• Isabel de Borja i Llançol, que se casó con su primo Jofré de Borja i Escrivà, conocido igualmente como Jofré Llançol i Escrivà (hijo de Roderic Gil de Borja i Fennolet y de Sibilia de Escrivà i Pròixita); la pareja tuvo cinco hijos.
• Alfonso de Borja i Llançol (1378-1458), el cual llegaría a ser papa, con el nombre de Calixto III.^[1]​
• Catalina de Borja i Llançol, contrajo matrimonio con Juan de Milà i Centelles, IV barón de Masalavés y I señor de Albaida. Fueron padres de seis hijos.
• Francisca de Borja i Llançol.
• Juana de Borja i Llançol, contrajo matrimonio con Mateu Martí, oriundo de Játiva, sin sucesión.

• Batllori,Miguel: La familia de los Borja, pág. 19
• Los Borja señores de la Baronía de Anna.
• Diario Borja - Borgia (1385 – 1408)
• Diario Borja - Borgia (1409 – 1415)
• Diario Borja - Borgia (1424 – 1429)
• (en inglés) Pedigree of: Domingo de Borja
• Biblioteca Virtual Miguel de Cervantes – Oliver, Manuel: Don Rodrigo de Borja (Alejandro VI). Sus hijos y descendientes
• Los Borja una familia universal que conquistó el Vaticano Archivado el 24 de julio de 2011 en Wayback Machine.
• Pareja y Primo, Luis: Canals Ilustrada: Historia de las personas venerables y varones Ilustres que han avido naturales de la Universidad de Canals en el Reyno de Valencia. Balle. Valencia - España, 1728 - 44 p., 10 pp.