Se gradúa en el año 1753 en la Universidad de Nápoles, y en 1756 se gradúa en la Escuela Médica Salernitana.^[2]​ En 1765 viaja a Roma y visita a Giovanni Battista Morgagni del que recibe una fuerte influencia. Se dedica a estudiar la anatomía humana, centrándose en el oído.

• De acquaeductibus auris humanae internae anatomica dissertatio, ex typ. Simoniana, Nápoles 1761 (después Viena 1774, Bolonia 1775 y ss.). Sigue los trabajos de Guichard Joseph Duverney y Antonio Maria Valsalva.
• De ischiade nervosa commentarius, apud fratres Simonios, Neapoli 1764 (nueva ed. Carpi 1768 y ss.).
• De sedibus variolarum syntagma, apud fratres Simonios 1769 (Después Bononiae 1775 y ss.).
• A treatise on the nervous sciatica, or nervous hip gout, ed. en inglés, Londres 1775
• De animorum ad optimam disciplinam praeparatione oratio, ex typ. simoniiana, Nápoles 1778.
• Dello spirito della medicina, Tip. Morelli, Nápoles 1783.

• Síndrome de Cotugno: Un síndrome caracterizado por una neuralgia unilateral distribuida a lo largo del nervio ciático.
• Acueducto de Cotunnius: El acueducto del interior del oído.
• Columna de Cotunnius: Las columnas en la lámina espiral ósea de la cochlea.
• Liquor Cotunni: el fluido cerebroespinal.