El departamento nació de la división del departamento de Chile Chico mediante la Ley 17324 de 1970, que creó los departamentos General Carrera y Baker. El departamento de Baker quedó conformado por las comunas-delegaciones de Cochrane, Tortel y O'Higgins. Su cabecera fue el pueblo de Cochrane.^[1]​

El territorio departamental fue muy similar a lo que había sido anteriormente la comuna de Baker y a lo que sería después la provincia Capitán Prat. Sus límites, en términos generales, eran:^[1]​

• al norte, el golfo de Penas y los límites sureños de las hoyas hidrográficas del río Nef, lago General Carrera y río Jainemeni;
• al este, la frontera argentina hasta el monte Fitzroy;
• al sur, una línea recta desde el Fitz Roy hasta el seno Iceberg —por sobre el campo de hielo sur— y los canales Messier, Adalberto, Fallos y del Castillo;
• y al oeste, el océano Pacífico desde canal del Castillo hasta el golfo de Penas.

Sin embargo, el departamento tuvo corta existencia: en 1974 la dictadura militar inició el proceso de regionalización de la división político-administrativa de Chile, y el 1 de agosto de ese año empezó a funcionar la Región de Aysén.^[2]​ Al año siguiente se fijó la nueva división provincial, con lo cual el departamento de Baker dejó de existir.^[3]​

• Baker (comuna)
• Departamento de Chile Chico
• Provincia Capitán Prat