El departamento nació en 1833 como el sucesor de la delegación de Ancud —y como uno de los diez departamentos que pasaron a conformar la provincia de Chiloé—, tras la promulgación de la Constitución Política de ese año que, entre otros aspectos, creó la figura del departamento en el nuevo orden político-administrativo de la república.

Hacia mediados del siglo XIX, el departamento de Ancud estaba dividido en tres subdelegaciones y catorce distritos, y su territorio comprendía la ciudad de Ancud, más otros pueblos o lugares como la península de Lacuy, Quetalmahue Cogomó y Caipulli.^[5]​^[6]​ Su primera modificación importante ocurrió en 1850, con el decreto que dividió la subdelegación Ancud en dos: norte y sur. Pero cinco años después, en 1855, tuvo con un cambio mayor, con el decreto que redujo el número de departamentos en la provincia a cuatro.^[7]​ De esta manera, el departamento de Ancud sumo los territorios de los suprimidos departamentos de Chacao y Dalcahue: Caulín, Chacao, Manao, Linao, Huite, isla Caucahué, Quicaví, Tenaún San Juan, Quetalco, Dalcahue e islas Chauques. Y también de esta forma, el departamento pasó a abarcar la mitad norte de la Isla Grande: desde el canal de Chacao hasta el límite con el departamento de Castro —conformado por el río Anay y una línea recta desde su nacimiento hasta Dalcahue—.

Hacia 1860 el departamento de Ancud contaba con ocho subdelegaciones y 36 distritos:^[8]​

En 1869 el territorio correspondiente a las primeras tres subdelegaciones fue dividido de nuevo, de tal manera que se crearon seis delegaciones:^[9]​

• 1.ª, Agüi, con cuatro distritos.
• 2.ª, Quetalmahue, cuatro distritos.
• 3.ª Ancud sur, con cinco distritos.
• 4.ª, Ancud norte, con cuatro distritos.
• 5.ª, Caicumeo, con dos distritos.
• 6.ª, Caipulli, con cuatro distritos.

Así, el departamento sumó en total once subdelegaciones. Posteriormente, en 1876, se creó la subdelegación de Caucahue, con dos distritos, a partir de la isla del mismo nombre. De esta manera, la numeración de las seis subdelegaciones restantes queda de esta forma: 7.ª Chacao, 8.ª Lliuco, 9.ª Caucahue, 10.ª Tenaun, 11.ª Chauques y 12.ª Dalcahue.

En 1885 se realizó una nueva división territorial de todo el departamento, la cual lo dejó con el mismo número subdelegaciones y distritos: doce y 45, respectivamente.^[10]​

Con las publicaciones de la Ley de Comuna Autónoma y el decreto relacionado en 1891, en el departamento se crearon las municipalidades de Quemchi y Dalcahue.^[11]​ De esta forma, sobre la base de las modificaciones de 1885, a fines de 1891 el departamento tenía la siguiente división administrativa:

En 1910, la 8.ª subdelegación Lluico se dividió dos, creándose la 13.ª subdelegación Quemchi.^[12]​

Con la Constitución de 1925 —que entró en vigencia en septiembre de ese año— creó la figura de «comuna-subdelegación», igualando la división administrativa «comuna» con la división política «subdelegación». El Decreto Ley 803—que debía entrar en vigencia en 1927— realizó cambios sustanciales en los límites comunales: traspasó de Quemchi a Ancud el territorio que comprendían las subdelegaciones de Caipulli y Chacao, y de Dalcahue a Quemchi los distritos Quicaví, Chaurahué y Choen, como también las islas Chauques.^[13]​

La llegada al poder de Carlos Ibáñez del Campo en 1927 trajo consigo una nueva y profunda reforma político-administrativa en el país, la cual entró en vigencia el 1 de febrero de 1928. A nivel local, fue suprimida la comuna de Quemchi,^[14]​^[15]​^[16]​ aunque a los pocos años, en 1933, fue restituida con los límites designados previo a 1928.^[17]​ Posteriormente, con la restauración del departamento de Quinchao en 1936, las islas Chauques pasaron a integrar la comuna de Achao. Los límites comunales y distritales del departamento, en tanto, serían fijados nuevamente y por última vez en 1960, al igual que en el resto de la provincia de Chiloé.^[18]​

El departamento llegó a su fin en los años 1970 tras la «regionalización» del país que realizó la dictadura militar. La X Región —formada de las provincias de Chiloé, Llanquihue, Osorno, y Valdivia— empezó a funcionar el 1 de enero de 1976.^[19]​^[20]​ La nueva división provincial, que modificó los territorios provinciales y suprimió los departamentos, entró en vigencia una semana después, el 7 de enero de 1976.^[21]​

• Departamento de Castro
• Departamento de Quinchao