Durante la Revolución Nacional Indonesia, Kartosoewirjo fundó su propio grupo de combatientes en Java Occidental, llamado Hizbulá y Sabilillah. Como protesta contra el Acuerdo de Renville firmado por los líderes indonesios en 1948, que cedía Java Occidental a los holandeses, Kartosoewirjo proclamó el Darul Islam (que significa "Estado Islámico") en Java Occidental el 7 de agosto de 1949. El Darul Islam no se disolvió tras la transferencia de soberanía en 1949, lo que provocó un enfrentamiento con el gobierno de la República de Indonesia. Los rebeldes de Sulawesi del Sur, liderados por el desertor del ejército Abdul Kahar Muzakkar, se unieron al Movimiento Darul Islam en 1951. El 20 de septiembre de 1953, Daud Beureu'eh declaró que Aceh formaba parte del "Estado Islámico de Indonesia" (Negara Islam Indonesia) bajo el liderazgo de Kartosoewirjo.

El movimiento floreció en la década de 1950 debido a la inestabilidad crónica dentro del gobierno central durante la Era de la Democracia Liberal. En 1957, se estimó que Darul Islam controlaba un tercio de Java Occidental y más del 90% de las provincias de Sulawesi Meridional y Aceh, donde el gobierno solo controlaba las ciudades y pueblos. El movimiento contaba con 15,000 guerrilleros armados que operaban bajo la bandera de Tentara Islam Indonesia (Ejército Islámico de Indonesia). Ese año, agentes de Darul Islam intentaron asesinar a Sukarno, sin éxito, lanzándole granadas durante una función escolar en Cikini, Yakarta Central.^[7]​

La implementación de la ley marcial en 1957, seguida de la declaración de la Democracia Guiada en Indonesia por Sukarno en 1959, marcó un cambio de rumbo para el grupo. Las bandas más pequeñas del Islam Darul que operaban en Java Central, bajo el mando de Amir Fatah, fueron aplastadas por las autoridades del entre 1954 y 1957. Las fuerzas del Islam Darul en Kalimantan del Sur, bajo el mando de Ibnu Hadjar, se vieron obligadas a rendirse en 1959. Amir Fatah fue asesinado en 1954, mientras que Ibnu Hadjar fue finalmente ejecutado en 1962.

Tres años de negociaciones (1959-1962) culminaron en un acuerdo de paz que puso fin al conflicto en Aceh, mediante el cual Aceh fue restituida como provincia autónoma con derechos especiales para la ley islámica. La introducción del eficaz método de la "valla de piernas" para rodear los escondites rebeldes en las montañas en 1959 logró romper el férreo control rebelde sobre las zonas rurales de Java Occidental. El 4 de junio de 1962, Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo fue capturado en su escondite del Monte Geber, cerca de Garut. Durante su cautiverio, Kartosoewirjo ordenó la rendición de todos sus seguidores, tras lo cual fue rápidamente juzgado y ejecutado. La última banda de Darul Islam en Java Occidental se rindió en agosto de 1962. Sucesivas operaciones militares también aplastaron a Darul Islam en Sulawesi del Sur. En febrero de 1965, su líder, Kahar Muzakkar, murió en una emboscada militar en el interior de la celebés sudoriental, poniendo fin a la insurgencia de Darul Islam en Indonesia.

Sin embargo, a pesar del desmantelamiento del grupo, las redes clandestinas persistieron. En las décadas de 1970 y 1980, se produjeron casos de terrorismo islámico atribuidos a un grupo conocido como Komando Jihad. Se descubrió que los líderes de este grupo arrestados eran veteranos de Darul Islam.

Según el director de la Agencia Nacional Contra el Terrorismo general de brigada de policía Ahmad Nurwakhid, Darul Islam está llevando a cabo movimientos clandestinos y reclutamiento.^[8]​

Hasta mayo de 2022, el Destacamento 88 había arrestado a más de 20 miembros de Darul Islam Indonesia, y reveló que miembros de grupo en Sumatra Occidental habían planeado varios atentados terroristas de bajo nivel con machetes y campañas para derrocar al gobierno con un plazo límite de 2024. Por otro lado, los observadores señalan que la amenaza de Darul Islam Indonesia es demasiado exagerada, ya que sus células son actualmente demasiado pequeñas y están descoordinadas para infligir un ataque significativo contra el gobierno. Aunque Darul Islam Indonesia se encuentra temporalmente envuelta en las sombras de Yemaa Islamiya y Jamaah Ansharut Daulah, la policía informa que sus actividades continúan. Actualmente, Darul Islam Indonesia cuenta con células en siete regiones, incluyendo Yakarta, Bantén, Java Occidental, Bali, Sulawesi, Molucas y Sumatra Occidental. Cada una opera de forma estructurada y sistemática, implementando un sistema de reclutamiento de cuatro pasos para controlar y adoctrinar a sus simpatizantes. Solo en Sumatra Occidental, el sistema supuestamente reclutó a más de 1125 miembros de Darul Islam Indonesia, de los cuales 400 eran miembros activos y el resto formaba parte de sus células inactivas. ^[9]​