Lyon nació en 1942 en Brooklyn, Nueva York, hijo de madre ruso-judía, Rebecca Henkin, y padre germano-judío, el doctor Ernst Fredrick Lyon. Se crio en Kew Gardens, Queens, y estudió historia y filosofía en la Universidad de Chicago, donde se graduó en 1963 con un título de grado.

Lyon comenzó su implicación en el Movimiento por los derechos civiles en 1962, cuando viajó haciendo autostop a Cairo, Illinois, durante las vacaciones de verano después de su tercer año en la Universidad de Chicago. Fue inspirado por un discurso de John Lewis en una iglesia en su primer día en Cairo. Tras el discurso, Lewis acudió a un sit-in, lo que impresionó a Lyon, ya que estaba poniendo en práctica lo que predicaba. Lyon decidió unirse a una marcha hacia una piscina segregada; los manifestantes se arrodillaron para rezar mientras los bañistas los hostigaban. Pronto un camión atravesó la multitud intentando dispersarla; una joven negra fue atropellada y Lyon comprendió que quería formar parte del movimiento.^[9]​ Durante un tiempo en los años sesenta, Lewis y Lyon fueron compañeros de habitación.^[10]​

En septiembre de 1962, con una donación de 300 dólares de Harry Belafonte, el Student Nonviolent Coordinating Committee (SNCC) envió a Lyon a Jackson y al Delta del Misisipi para cubrir el trabajo de los registradores de votantes. Poco después, tuvo un enfrentamiento con la policía; uno de ellos lo amenazó de muerte porque, al decirle que «allí no mezclaban razas», Lyon afirmó que tenía un abuelo negro. Lyon abandonó el pueblo para evitar que confiscaran sus fotos.^[9]​

En 1963 regresó, aunque el SNCC se mostró reticente a contratarlo como fotógrafo. Uno de sus trabajos fue fotografiar a unas estudiantes encarceladas en el Leesburg Stockade sin cargos en su contra. Lyon se escondió en un coche para entrar y el conductor distrajo a los guardias mientras él tomaba la foto.^[9]​

Tras ser aceptado como fotógrafo del SNCC, Lyon estuvo presente en casi todos los eventos importantes del movimiento, documentándolos con su cámara.^[5]​

Sus fotos aparecieron en The Movement: documentary of a struggle for equality, un libro documental sobre el Movimiento por los derechos civiles en Estados Unidos.^[11]​

Lyon comenzó después a publicar sus propios libros. El primero fue un estudio de motociclistas fuera de la ley en The Bikeriders (1968), donde fotografió, viajó y convivió con ellos en el Medio Oeste de Estados Unidos entre 1963 y 1967.^[12]​^[13]​ Vivió en un apartamento alquilado en Woodlawn, Chicago, siguiendo al capítulo local de los Outlaws en un intento de «registrar y glorificar la vida del motociclista estadounidense». Buscando consejo de Hunter S. Thompson, que había convivido con los Hells Angels para su libro Hell's Angels: The Strange and Terrible Saga of the Outlaw Motorcycle Gangs, Lyon recibió la advertencia de salir del club salvo que fuera imprescindible para la acción fotográfica.^[14]​^[15]​ Lyon respondió: «Me aconsejó no unirme a los Outlaws y usar casco. Me uní al club y casi nunca usaba casco». Fue miembro de pleno derecho entre 1966 y 1967.^[15]​ Más tarde declaró: «Al final estaba horrorizado. Recuerdo una gran discusión con un tipo que desplegó una enorme bandera nazi como mantel para apoyar las cervezas. Entonces me di cuenta de que algunos no eran tan románticos como pensaba».^[14]​

La serie fue muy influyente en los años sesenta y setenta. En 1967, Lyon fue invitado a unirse a Magnum Photos. Después de The Bikeriders, pasó tiempo documentando la vida de los prisioneros en Texas.^[16]​ En los años setenta, también contribuyó al proyecto DOCUMERICA de la Agencia de Protección Ambiental de Estados Unidos.^[17]​

En 1969, al regresar de Texas a Nueva York sin vivienda, fue acogido por el fotógrafo Robert Frank, ya célebre por su libro The Americans. Lyon lo había conocido dos años antes en un Happening en Nueva York. Vivió seis meses con la familia Frank en un apartamento de la calle 86 Oeste.^[18]​

The Destruction of Lower Manhattan (1969) fue su siguiente obra, publicada por Macmillan Publishers.^[19]​ Documenta las demoliciones a gran escala en el Lower Manhattan en 1967, incluyendo retratos de los últimos vecinos y fotos en los propios solares de demolición. Al principio se saldó por un dólar el ejemplar, pero se convirtió en pieza de coleccionista y fue reeditado en 2005.

Conversations with the Dead (1971) se publicó con plena cooperación del Departamento de Correcciones de Texas. Lyon fotografió en seis prisiones durante catorce meses en 1967–68. La serie apareció en 1971 en formato libro. La introducción sostiene que el sistema penitenciario texano es símbolo del encarcelamiento global. Lyon declaró: «Intenté con todo el poder que tenía hacer una imagen del encarcelamiento tan perturbadora como sabía que era en la realidad».

Lyon trabó amistad con muchos reclusos. El libro incluye textos de expedientes, cartas y dibujos de presos. Destaca el caso de Billy McCune, violador condenado a muerte cuya pena se conmutó a cadena perpetua. En el prólogo, Lyon lo describe como psicótico diagnosticado, que una noche, esperando su ejecución, «se cortó el pene de raíz, lo puso en una taza y se lo pasó al guardia entre los barrotes».

Todas las publicaciones de Lyon siguen el estilo del Nuevo periodismo fotográfico,^[4]​ implicando su inmersión y participación en el tema. Fue alentado por el curador del Art Institute of Chicago, Hugh Edwards, quien le dio dos exposiciones individuales.

También cineasta y escritor, Lyon ha dirigido Los Niños Abandonados, Born to Film, Willie y Murderers. Publicó el libro de no ficción Like A Thief's Dream.

• The Bikeriders
  • Londres: Macmillan, 1968.
  • Santa Fe, Nuevo México: Twin Palms, 1998. ISBN 978-0-944092-91-0.
  • Nueva York: Aperture, 2014. ISBN 978-1-59711-264-2. Edición facsímil.
• Conversations With The Dead
  • Nueva York: Henry Holt and Company, 1971. ISBN 978-0030850691.
  • Conversations With The Dead: Photographs of Prison Life with the Letters and Drawings of Billy McCune #122054. ISBN 9780714870519. Edición facsímil digital remasterizada con nuevo epílogo de Lyon.
• Pictures from the New World. Nueva York: Aperture, 1981.
• I Like To Eat Right On The Dirt. Clintondale, NY: Bleak Beauty, 1989.
• Memories of the Southern Civil Rights Movement
  • Memories of the Southern Civil Rights Movement. Serie Lyndhurst sobre el Sur. Center for Documentary Studies de la Universidad Duke; Universidad de Carolina del Norte, 1992. ISBN 9780807820544. Editado por Alex Harris.
  • Memories of the Southern Civil Rights Movement. Santa Fe, NM: Twin Palms, 2010. ISBN 9781931885881.
• Indian Nations. Twin Palms, 2002.
• The Destruction of Lower Manhattan. Nueva York: PowerHouse, 2005.
• Like A Thief's Dream. Nueva York: PowerHouse, 2007. Libro de no ficción.
• Memories of Myself. Londres; Nueva York: Phaidon, 2009.
• Deep Sea Diver. Londres; Nueva York: Phaidon, 2011.
• The Seventh Dog. Londres; Nueva York: Phaidon, 2014.
• Burn Zone. Albuquerque, NM: Bleak Beauty. OCLC 962373165. Con textos de Josephine Ferorelli.

• Los Niños Abandonados
• Born to Film
• Willie
• Murderers

• 1969: Beca Guggenheim de la John Simon Guggenheim Memorial Foundation^[20]​
• 1978: Beca Guggenheim de la John Simon Guggenheim Memorial Foundation ^[20]​
• Años 1980: Beca en cine otorgada por la Rockefeller Foundation^{[cita requerida]}
• 2011: Medalla de Honor de Misuri por Servicio Distinguido en Periodismo, Missouri School of Journalism, Universidad de Misuri, Columbia, MO^[7]​^[21]​
• 2015: Premios Lucie, categoría «Logro en documental»^[8]​
• 2022: Incorporación al International Photography Hall of Fame and Museum.^[22]​

• Página web oficial
• Los filmes de Danny Lyon en Vimeo
• SNCC Digital Gateway: Danny Lyon, sitio documental creado por el SNCC Legacy Project y la Universidad Duke, que narra la historia del Student Nonviolent Coordinating Committee y la organización de base desde adentro
• «Stubbornly Practicing His Principles of Photography», New York Times, 26 de abril de 2009
• «Danny Lyon: Message to the Future» Review: From Civil Rights to Occupy, por Richard B. Woodward, The Wall Street Journal, 27 de julio de 2016
• Entrevista con el cineasta Danny Lyon Parte I y Parte II, Chicago Film Society, 2017
• El representante John Lewis en conversación con Danny Lyon en YouTube., en el Whitney Museum of American Art