Cyrille Aillet estudió en la École normale supérieure (Ulm) de 1995 a 1999. Se licenció en Historia en ese último año. Se formó como hablante de árabe: «Tuve la oportunidad de aprender árabe con maestros comprometidos y apasionados, primero Houda Ayoub en la ENS, luego Ghalib al-Hakkak en la Sorbona y Ali al-Waeida en Madrid».

Es exmiembro de la Escuela de Altos Estudios Hispánicos-Casa de Velázquez de Madrid donde permaneció de 2001 a 2003.

Su tesis doctoral en historia medieval se titula: Les Mozarabes : christianisme et arabisation en Al-Andalus (ixe – xiie siècle). La defendió en 2005 en la Universidad de París VIII, bajo la dirección de Gabriel Martinez-Gros.

Cyrille Aillet fue primero asistente en la Universidad de París VIII de 1999 a 2001. Enseñó en la escuela media y secundaria de 2003 a 2006. Fue profesor en la Universidad de París-VIII de 2005 a 2006. En ese último año, Cyrille Aillet se convirtió en profesor de historia de los mundos musulmanes medievales en la Universidad de Lyon-2. En 2013, fue nombrado miembro junior del Instituto Universitario de Francia.

• (dir.) con M. Penelas y Ph. Roisse, ¿Existe una identidad mozárabe? Historia, lengua y cultura de los cristianos en al-Andalus (siglos IX-XII), Madrid, Colección de la Casa de Velázquez, vol. 101, 2008, 334 págs.
• Les Mozarabes. Islamisation, arabisation et christianisme en péninsule Ibérique (ixe – xiie siècle), Madrid, Bibliothèque de la Casa de Velázquez, vol. 45, 2010, 418 págs.