La empresa matriz, Cygames, estableció su propia división de producción de anime en marzo de 2015 para iniciar la planificación, producción y desarrollo de negocios de anime dentro de la propia compañía.^[1]​^[2]​ Siguiendo esta línea, el 5 de abril de 2016 se fundó CygamesPictures, con el objetivo de internalizar también la producción dentro de la empresa.^[3]​^[4]​^[5]​ Sin embargo, en ese momento, Nobuhiro Takenaka, quien era director de Cygames, afirmó que la compañía continuaría colaborando de manera constante con otros estudios de producción y no internalizaría todo el proceso.^[3]​ Además, al igual que Cygames, adoptaron el lema “crear el mejor contenido”, enfatizando la formación de talento y comprometiéndose a la producción de animación.^[6]​

El departamento de negocios de anime de Cygames se encarga de planificar cómo desarrollar comercialmente las obras producidas, mientras que CygamesPictures asume un papel diferente al encargarse de la producción directa de las obras.^[3]​

En noviembre de 2020, la sede se trasladó de 4-20-14 Minamicho, Kichijoji, Musashino, Tokio,^[7]​ a 2-14-13 Shakujii-cho, Nerima, Tokio, en el tercer piso del edificio NTT Shakujii.^[8]​

En octubre de 2021, Koichi Watanabe, que era director representativo y presidente, fue nombrado director, y Nobuhiro Takenaka, que era director, fue nombrado segundo director representativo y presidente.^[9]​

La razón detrás de Cygames de establecer un estudio propio en lugar de subcontratar a los numerosos estudios ya existentes, fue mejorar las condiciones laborales en la industria de producción de anime, las cuales a menudo son criticadas por ser deficientes. Buscan lograr esto dentro del entorno de su propia empresa, acumulando experiencia y creando un entorno propicio para la producción de obras de calidad y el desarrollo de talento.^[3]​