McDonald ha grabado 33 álbumes y ha escrito cientos de canciones a lo largo de 40 años de carrera. En 1965 fundó con Barry Melton la banda Country Joe & the Fish, que se convirtió en una agrupación pionera del rock psicodélico con sus actuaciones eclécticas en el Avalon Ballroom, el Fillmore, el Monterey Pop Festival y en el Festival de Woodstock.^[2]​ En 1972 viaja a Chile para participar en la película "¿Qué hacer?", de Ruiz, Landau & Serrano.

Posteriormente se embarcó en una carrera en solitario. En 2004 se reunió con tres de los miembros originales de Country Joe and the Fish (Bruce Barthol, David Bennett Cohen y Gary "Chicken" Hirsh) y realizaron una gira por Estados Unidos y el Reino Unido como "Country Joe Band". En 2015, McDonald (con la ayuda de Alec Palao) formó The Electric Music Band; la intención del grupo era interpretar el material psicodélico de la carrera temprana de Country Joe And The Fish.^[2]​

En 2017, McDonald lanzó un álbum en su propio sello Rag Baby, titulado 50.^[2]​

• Thinking of Woody Guthrie (1969, Vanguard 6546)
• Tonight I'm Singing Just for You (1970, Vanguard 6557)
• Quiet Days in Clichy (Banda sonora) (1970, Vanguard 79303)
• Hold on It's Coming (1971, Vanguard 79314)
• War War War (1971, Vanguard 79315)
• Incredible! Live! (1972, Vanguard 79316)
• Paris Sessions (1973, Vanguard 79328)
• Country Joe (1974, Vanguard 79348)
• Paradise With an Ocean View (1975, Fantasy 9495)
• Essential Country Joe McDonald (1976, Vanguard 85/86)
• Love Is a Fire (1976, Fantasy 9511)
• Goodbye Blues (1977, Fantasy 9525)
• Rock N Roll from Planet Earth (1978, Fantasy 9544)
• Leisure Suite (1979, Fantasy 9586)
• Into The Fray (1981, Rag Baby 2001)
• On My Own (1981, Rag Baby 1012)
• Child's Play (1983, Rag Baby 1018)
• Peace on Earth (1984, Rag Baby 1019)
• Vietnam Experience (1986, Rag Baby 1024/25)
• Classics (1989, Fantasy 7709)
• Best of Country Joe McDonald: The Vanguard Years (1969–1975) (1990, Vanguard 119/20)
• Superstitious Blues (1991, Rag Baby 1028)
• Carry On (1995, Rag Baby 1029)
• Something Borrowed, Something New (The Best Of) (1998, Rag Baby 1030)
• Eat Flowers And Kiss Babies Live with Bevis Frond (1999, Woronzow 33)
• www.countryjoe.com (2000, Rag Baby 1032)
• Crossing Borders with M.L. Liebler (2002, Rag Baby 1034)
• A Reflection On Changing Times (2003)
• Natural Imperfections with Bernie Krause (2005, Rag Baby 1037)
• Country Joe Live At The Borderline (2007, Rag Baby 1038)
• Vanguard Visionaries: Country Joe McDonald (2007, Vanguard 73171)
• War, War, War (Live) (2008, Rag Baby 1040)^[3]​
• A Tribute to Woody Guthrie (2008, Rag Baby 1039)
• Time Flies By (2012, Rag Baby 1041)^[4]​
• 50 (2017 Rag Baby 1042)

• Country Joe McDonald en Internet Movie Database (en inglés).
• Esta obra contiene una traducción derivada de «Country Joe McDonald» de Wikipedia en inglés, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.