En la primera constitución política del Perú se decretó que las funciones judiciales las ejercía el Poder Judicial, el mismo que estaría encabezado por la Corte Suprema de la República y estaría dividido en las cortes superiores de Arequipa, Cusco y Trujillo. Posteriormente, Simón Bolívar dispuso mediante decreto dictatorial del 4 de abril de 1825 que el territorio del departamento de Puno estuviera sometido a la competencia de la Corte Superior de Justicia de Arequipa.

El 26 de octubre de 1832, los diputados por Puno presentaron un proyecto de ley para la creación de una corte superior con sede en la ciudad capital del departamento de Puno, logrando que se apruebe la Ley N° 138 de fecha 21 de diciembre de 1832, la misma que fue aprobada el 7 de enero de 1833 por el presidente Mariscal Don Agustín Gamarra Messía, y como Ministro de Justicia don José María Pando. Sin embargo, esta ley no se promulgaría sino hasta 7 años después, el 20 de octubre de 1846, durante el gobierno de Ramón Castilla y su implementación demoró otros cinco años, hasta que Ramón Castilla volviera al poder, y declarara el 28 de julio de 1850 como establecida a la corte puneña.^[1]​

Según la organización territorial inicial, las Cortes Superiores tenían competencia territorial en el departamento de su sede, el mismo que se correspondía con un determinado Distrito Judicial. Sin embargo, esta división fue modificándose paulatinamente por razones de cercanía comunicativa. En la actualidad la Corte Superior de Justicia de Puno es la confirmación de esa regla al tener competencia territorial sobre todo el territorio del departamento de Puno^[2]​

La Corte Superior de Justicia de Puno está conformada por 6 salas superiores:

• 1 Sala Civil con sede en Puno
• 2 Salas Penales con sede en Puno
• 1 Sala Civil con sede en Juliaca
• 2 Salas Penales con sede en Juliaca

Cada Sala está conformada por tres jueces superiores que, en el Perú, reciben la denominación de "vocales superiores". La reunión de todos los vocales superiores constituyen la "Sala Plena" que es el máximo órgano deliberativo de la Corte Superior.

De conformidad con los artículos 38 y 45 de la Ley Orgánica del Poder Judicial,^[3]​ los vocales eligen un Presidente de la Corte Superior. En el caso de Puno, la elección se realiza el primer jueves del mes de diciembre cada dos años mediante votación secreta de los vocales superiores titulares.^[4]​

El actual Presidente de la Corte Superior es el doctor Benny José Álvares Quiñonez para el periodo 2025 - 2026.

Las Salas Superiores tienen su sede en el Palacio de Justicia de Puno ubicado en la Plaza de Armas de la ciudad.

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